1. Федерация использует в качестве символики эмблему и флаг.
2. Эмблема имеет квадратную форму. Внутри квадрата снизу вверх (под углом, примерно 40°) расположены три равноширокие полосы красного, синего и белого цвета. В центре квадрата белый медальон округлой формы. В середине медальона соединенные в рукопожатии две руки черного цвета. В левой верхней части четырехугольника расположены буквы черного цвета: ФНПР - аббревиатура наименования Федерации Независимых Профсоюзов России. По полуокружности внутри медальона надпись черного цвета: Единство Солидарность Справедливость.
3. Флаг представляет собой полотнище красно-синего цвета, разделенное снизу вверх по диагонали (верхняя часть - красная, нижняя - синяя). Соотношение ширины полотнища к его длине 1:2. В середине полотнища буквы белого цвета: ФНПР - аббревиатура наименования Федерации Независимых Профсоюзов России. Соотношение букв и ширины полотнища как 3,5:2,0:3,5, а букв и длины полотнища как 4:10:4.
