При применении статьи 333.35 НК РФ следует иметь в виду, что арбитражный суд не наделен полномочиями по освобождению от уплаты государственной пошлины (см., например, Определение ФАС Уральского округа от 13.07.2005 N Ф09-942/04-С4).
В письме Минфина России от 31.10.2008 N 03-05-05-03/48 разъяснено, что применение подпункта 4.1 пункта 3 статьи 333.35 НК РФ не ставится в зависимость от статуса организации (в том числе ее принадлежности к федеральным органам исполнительной власти), и она распространяется на все государственные или муниципальные организации, за которыми недвижимое имущество закрепляется на праве оперативного управления.