Пунктом 2 статьи 156 НК РФ предусмотрено, что если комиссионер на основании договора комиссии осуществляет реализацию товара (работы, услуги), не подлежащего налогообложению (освобожденного от налогообложения) на основании статьи 149 НК РФ, то его посреднические услуги все равно облагаются НДС. Аналогичные положения предусмотрены пунктом 7 статьи 149 НК РФ. Исключение составляют лишь посреднические услуги по реализации товаров (работ, услуг), указанных в пункте 1, подпунктах 1 и 8 пункта 2 и подпункт 6 пункта 3 статьи 149 НК РФ.
Договор транспортной экспедиции не назван в статье 156 НК РФ.
Согласно письму Минфина России от 21.06.2004 N 03-03-11/103 налогоплательщики, оказывающие услуги по договорам транспортной экспедиции, определяют налогооблагаемую базу по НДС как сумму дохода, полученную в виде вознаграждения. При этом суммы авансовых платежей, полученные в счет предстоящего выполнения услуг в рамках указанного договора, включаются в налоговую базу по НДС только в части платежей, соответствующих размеру указанного вознаграждения.
Отнесение договора транспортной экспедиции к посредническому договору в целях налогообложения подтверждено также письмами Минфина России от 16.10.2000 N 04-02-05/2, от 21.06.2004 N 03-03-11/103, а также письмами Управления МНС России по г. Москве от 12.03.2001 N 02-11/11705-м, от 20.11.2002 N 24-11/56384.
