Правовой статус государственной инспекции по маломерным судам определен Положением о Государственной инспекции по маломерным судам Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (утв. Постановлением Правительства РФ от 23 декабря 2004 г. N 835).
Государственная инспекция по маломерным судам Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий входит в систему Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России).
В систему Государственной инспекции по маломерным судам входят структурные подразделения центрального аппарата МЧС России, территориальные органы Государственной инспекции по маломерным судам в составе территориальных органов МЧС России, государственные инспекторы по маломерным судам, а также соответствующие подразделения и организации МЧС России.