В соответствии с п. 1 Положения о Федеральной службе по надзору в сфере транспорта (утв. Постановлением Правительства РФ от 30 июля 2004 г. N 398) (с изменениями от 30 марта, 3 октября, 14 декабря 2006 г.) Федеральная служба по надзору в сфере транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере гражданской авиации (кроме вопросов использования воздушного пространства и аэронавигационного обслуживания пользователей воздушного пространства Российской Федерации), морского (включая морские торговые, специализированные, рыбные порты, кроме портов рыбопромысловых колхозов), внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного (кроме вопросов безопасности дорожного движения), промышленного транспорта и дорожного хозяйства.
Федеральная служба по надзору в сфере транспорта находится в ведении Министерства транспорта Российской Федерации.
Федеральная служба по надзору в сфере транспорта при реализации своих полномочий осуществляет в том числе специальные разрешительные, контрольные и надзорные функции, возложенные в соответствии с законодательством Российской Федерации на органы Российской транспортной инспекции, федеральный орган исполнительной власти в области транспорта (федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий государственное управление в транспортном комплексе), федеральный орган исполнительной власти в области дорожного хозяйства, федеральный орган исполнительной власти в области железнодорожного транспорта, специально уполномоченный орган в области гражданской авиации (федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области гражданской авиации) и государственную речную судоходную инспекцию.
Руководитель Федеральной службы по надзору в сфере транспорта является главным государственным транспортным инспектором Российской Федерации, а работники Федеральной службы по надзору в сфере транспорта в зависимости от вида транспорта, в области которого они осуществляют контрольные и надзорные функции, обладают установленными законодательством Российской Федерации правами и полномочиями соответственно федеральных государственных служащих органов Российской транспортной инспекции, осуществляющих инспекторские функции, государственных ревизоров специальной службы федерального органа исполнительной власти в области железнодорожного транспорта, государственных инспекторов гражданской авиации и должностных лиц государственной речной судоходной инспекции.
