В соответствии с п. 2 Положения о военных комиссариатах (утв. Указом Президента РФ от 15 октября 1999 г. N 1372) военные комиссариаты являются территориальными органами Министерства обороны Российской Федерации в республиках, краях, областях, городах федерального значения, автономной области и автономных округах, а также в районах, городах (без районного деления), административных округах и равных им административных образованиях и входят в состав военных округов (флота), на территории которых они находятся. В соответствии со ст. 13 этого же Положения военный комиссар организует служебную деятельность военного комиссариата и руководит его работой. В соответствии со ст. 16 военный комиссар рассматривает дела об административных правонарушениях и налагает административные взыскания в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации об административных правонарушениях, а при необходимости передает материалы на этих лиц в правоохранительные органы.
