Если налогоплательщик не согласен с решением инспекции по проверке, то после обязательного досудебного обжалования он может оспорить его в суде.
В пункте 75 Постановления Пленума ВАС РФ
от 30.07.2013 N 57 сказано, что решение вышестоящего налогового органа может стать самостоятельным предметом спора, когда это новое решение по проверке, а также когда нарушена процедура его принятия или вышестоящий налоговый орган вышел за пределы своих полномочий.
В ситуации, когда налогоплательщик не согласен с решением по жалобе по другим основаниям, суды не признают их как самостоятельный предмет спора. Такой подход следует и из определения Верховного суда РФ. Плательщик обратился в суд с требованием признать недействительным решение вышестоящего налогового органа, который частично отменил решение по проверке. Суды отказали истцу, пояснив, что в данном случае решение вышестоящего налогового органа не может быть предметом отдельного спора. Решение по проверке было отменено не полностью, а только частично, это не новое решение. Кроме того, суд установил, что вышестоящий налоговый орган не нарушал процедуру и не вышел за пределы своих полномочий.
