При применении положений статьи 385.1 НК РФ следует учитывать положения Федерального закона от 10.01.2006 N 16-ФЗ "Об Особой экономической зоне в Калининградской области и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации".
На это указывает и Минфин России в письме от 28.10.2009 N 03-11-11/202.