Минфин России в письме от 18.04.2007 N 03-11-04/2/106 сообщает, что уменьшение доходов от реализации основных средств, осуществленной в ходе применения упрощенной системы налогообложения, на остаточную стоимость реализованных основных средств ст. 346.16 НК РФ не предусмотрено.
Исходя из вышесказанного организация, перешедшая с общего режима налогообложения на УСН и реализовавшая амортизируемое имущество, приобретенное до применения УСН, не вправе уменьшить выручку от реализации на остаточную стоимость такого имущества. Тем не менее в судебной практике встречаются решения с иными выводами (см., например, Постановление ФАС Дальневосточного округа от 19.06.2008 N Ф03-А80/08-2/1669).
Минфин России в письме от 01.04.2008 N 03-11-05/78 также указывает на то, что указанные суммы налога подлежат вычету в последнем налоговом периоде, предшествующем месяцу перехода на упрощенную систему налогообложения, при наличии документов, свидетельствующих о возврате сумм налога покупателям в связи с переходом организации на данную систему налогообложения.
А в письме от 23.03.2007 N 03-07-11/67 финансовое ведомство обращает внимание на то, что исчисление суммы НДС, подлежащей восстановлению по амортизируемому имуществу, производилось с учетом остаточной стоимости такого имущества, сформированной по данным бухгалтерского учета.
Между тем суды приходят к выводу о том, что у налогоплательщика, перешедшего с 01.01.2006 на применение УСН, не возникает обязанности восстановить ранее правомерно принятые к вычету суммы НДС по основному средству (Постановление Президиума ВАС РФ от 17.07.2007 N 2785/07, Определения ВАС РФ от 17.12.2007 N 16703/07, от 09.04.2007 N 3254/07, Постановления ФАС Поволжского округа от 16.01.2008 N А06-3207/07-13, ФАС Уральского округа от 20.10.2008 N Ф09-7529/08-С3 по делу N А07-3665/08, ФАС Центрального округа от 21.09.2007 N А64-3217/06-16).
Кроме того, факт реализации здания (основного средства) в периоде применения УСН сам по себе не порождает обязанности восстановить или исчислить НДС и уплатить в бюджет, поскольку в это время организация уже не является плательщиком НДС.
