ФНС России в письме от 06.05.2008 N 03-1-03/1925 пришла к выводу, что суммы налога, предъявленные налогоплательщиком, применяющим упрощенную систему налогообложения, налогоплательщику НДС, вычетам не подлежат, так как лицо, применяющее упрощенную систему налогообложения, первоначально не признается налогоплательщиком налога на добавленную стоимость. Аналогичная позиция содержится в письмах Минфина России от 01.04.2008 N 03-07-11/126, от 24.10.2007 N 03-07-11/516, УФНС России по г. Москве от 08.07.2005 N 19-11/48885.
Однако в письме Минфина России от 11.07.2005 N 03-04-11/149 изложена противоположная позиция, а именно в случае, если поставщик, применяющий упрощенную систему налогообложения, выставил покупателю счет-фактуру с выделенной суммой налога на добавленную стоимость, то вычет сумм налога на добавленную стоимость применяется в общеустановленном порядке.
Арбитражная практика по данному вопросу складывается в пользу налогоплательщика (см., например, Постановление ФАС Московского округа от 11.03.2009 N КА-А40/1255-09).
Минфин России в письме от 23.11.2009 N 03-11-06/3/271 разъяснил, что при совмещении системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход с упрощенной системой налогообложения доходы по видам предпринимательской деятельности, переведенным на уплату единого налога на вмененный доход, определяются с применением кассового метода.
В связи с тем что при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций, а также по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения, доходы определяются нарастающим итогом с начала года, доходы по видам предпринимательской деятельности, переведенным на уплату единого налога на вмененный доход в порядке, указанном выше, также необходимо определять нарастающим итогом с начала года.
Следует учитывать, что организация (индивидуальный предприниматель), являющаяся субъектом упрощенной системы налогообложения, не является плательщиком только тех налогов, которые прямо указаны в статье 346.11 НК РФ. Об этом говорит и Минфин России в письме от 02.02.2005 N 03-03-02-05/7.
Пунктом 3 статьи 4 Федерального закона от 21.11.1996 N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете" (далее - Закон N 129-ФЗ) установлено, что организации, перешедшие на упрощенную систему налогообложения, освобождаются от обязанности ведения бухгалтерского учета, если иное не предусмотрено пунктом 3 статьи 4 Закона N 129-ФЗ.
Организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, ведут учет доходов и расходов в порядке, установленном главой 26.2 НК РФ.
Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, ведут учет основных средств и нематериальных активов в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете, т.е. в соответствии с нормами Положения по бухгалтерскому учету "Учет основных средств" ПБУ 6/01, утвержденного Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 30.03.2001 N 26н, и Положения по бухгалтерскому учету "Учет нематериальных активов" ПБУ 14/2000, утвержденного Приказом Минфина России от 16.10.2000 N 91н.
Из пункта 4 статьи 346.11 НК РФ также следует, что налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, не освобождаются от обязанностей, установленных Федеральным законом от 22.05.2003 N 54-ФЗ "О применении контрольно-кассовой техники при осуществлении наличных денежных расчетов и (или) расчетов с использованием платежных карт".
