НАЛОГИ И ПРАВО
НАЛОГОВОЕ ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВО КОММЕНТАРИИ И СУДЕБНАЯ ПРАКТИКА ИЗМЕНЕНИЯ В ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВЕ
Налоговый кодекс
Минфин РФ

ФНС РФ

Кодексы РФ

Подборки

Популярные материалы

Решение АС Республики Саха (Якутия) от 21.03.2013 № А58-4935/12

АРБИТРАЖНЫЙ СУД РЕСПУБЛИКИ САХА (ЯКУТИЯ)

  ул. Курашова, 28, бокс 8, г. Якутск, 677980, тел.: (411-2) 34-05-80, факс: (411-2) 42-05-32, www.yakutsk.arbitr.ru

ИМЕНЕМ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Р Е Ш Е Н И Е

город Якутск

Дело №А58-4935/2012

резолютивная часть оглашена 21.03.2013

полный текст изготовлен 29.03.2013

Арбитражный суд Республики Саха (Якутия) в составе Собардаховой В.Э.

при участии в деле федерального государственного учреждения «Ленское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» - заявитель, Учреждение, Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы 5 по Республике Саха (Якутия) - налоговый орган,

и в присутствии представителя Учреждения Бут Г.Г. , представителей налогового органа Михайловой Е.Ю., Пудовой Н.И., Баллыева А.С. ,

рассмотрев в открытом судебном заседании при ведении протокола секретарем Жирковой Л.В. дело по заявлению Учреждения к налоговому органу о признании недействительным решения налогового органа от 06 марта 2012 года №17/945 с изменениями, внесенными решением Управления Федеральной налоговой службы России по РС(Я) от 23 июля 2012 года №04-22/07747– далее решение налогового органа,

УСТАНОВИЛ:

Учреждение обратилось в Арбитражный суд РС(Я) с заявлением о признании недействительным решения налогового органа в связи с нижеследующим:

сумма дохода в размере 514 946 265 рублей не совпадает с соответствующей суммой акта проверки (подпункт «а» пункта 1.1. заявления);

налоговым органом не представлено доказательств отгрузки товаров в адрес ООО ПСФ «Орбита», ООО «Кустук 2000», ОАО «ЯКСМиК» (подпункт «б» пункта 1.1., пункт 2.1., пункт 4.1. заявления);

сумма в размере 5 631 132,80 рублей должна быть учтена в расходах за 2008 год (пункт 1.2. заявления);

при составлении акта проверки в части расходов по амортизации имущества налоговый орган установил нарушение, сравнивая данные проверки с данными еще не представленной в налоговый орган уточненной декларации. Налогоплательщик, несмотря на нарушение процедуры проведения ВНП, представил документы, подтверждающие начисление амортизации по гидротехническим сооружениям за 2008,2009 годы (пункты 1.3., 2.2. заявления);

до подачи заявления Учреждению дважды уменьшено возмещение по НДС за 1 квартал 2008 года: по камеральной проверке решением от 26.04.2011 отказано 561 506 рублей, по выездной проверке 210 420 рублей (пункт 3.1.);

налогоплательщик привлечен к налоговой ответственности за неполную уплату НДС за 4 квартал 2008 года за пределами срока давности;

допущен арифметический просчет при определении задолженности по НДФЛ по Витимскому РВПиС (пункт 5.1. заявления);

не составлена таблица по определению задолженности (переплаты) по Киренскому РВПиС, которая определена налоговым органом в размере переплаты 125 095 рублей, при этом в общую сумму начисленного и удержанного НДФЛ включено начисление за декабрь 2011 года в размере 669 599 рублей (пункт 5.2. заявления);

не учтены платежи по НДФЛ за март 2011 года на сумму 1 300 607 рублей (пункт 5.2. заявления),

в результате арифметических ошибок занижена переплата по Жиганскому РВПиС на сумму 180 000 рублей (пункт 3 на странице 12 заявления),

не учтена уплата на дату вынесения решения по НДФЛ (пункт 5.3. заявления);

не учтена переплата на общую сумму 4 908 430 рублей 68 копеек (пункт 5.4. заявления);

расчет на основе сводных документов не соответствует Налоговому кодексу Российской Федерации, должен быть осуществлен индивидуально по каждому лицу, получившему доход. Налоговый орган применил расчетный метод незаконно (пункт 5.5. заявления).

Заявитель также полагает, что при проведении проверки налоговым органом были существенно нарушены процессуальные нормы, влекущие признание недействительным решения в целом, в том числе:

налоговый орган сравнил данные проверки с еще с непредставленными в налоговый орган декларациями (пункт 6.1. заявления);

истребовав документы требованием от 06.10.2011, налоговый орган подошел к проверке формально (пункт 6.2. заявления);

скрытое продолжение проверки при назначении дополнительных мероприятий (пункт 6.3. заявления).

Заявлением от 07.01.2013 основания заявленного требования дополнены следующим:

по пункту 1.1. заявления налоговый орган сумму дохода в акте определил в размере 514 603 532 рубля. В решение сумма дохода обозначена в размере 514 946 265 рублей, то есть в большем на 342 733 рубля;

по пункту 1.1 заявления товароматериальные ценности, отраженные в спорных счета-фактурах, фактически являются давальческими материалами для строительства объектов, заказчиком которых выступает Учреждение по договорам на строительства следующих объектов «Поликлиника водников в 142 квартале г. Якутска», «Жилой дом на 40 квартир в 62 квартале г Якутска», «Реконструкция выправительных сооружений Ленского бассейна», «Реконструкция нефтебазы Витимского района водных путей». Счета-фактуры в данном случае служили учетным документов для фиксации объема переданного давальческого сырья в рамках государственных контрактов.

Заявлением от 27.01.2013 основания заявленного требования дополнены следующим:

при вынесении решения на сумму отказа в возмещении в размере 210 420 рублей за 1 квартал 2008 года необоснованно начислены пени;

в ходе судебного разбирательства по делу №А58-5117/2012 представлена таблица расчета пени по НДС, начиная с 21.03.2003 по 28.08.12, то есть, в том числе, за период проверки по ВНП, в котором отражена значения: дата начала действия недоимки, дата окончания недоимки, число дней просрочки, недоимка для пени, ставка пени, начислено пени. Сумма недоимки для пени по таблице, представленной налоговым органом в деле №А58-5117/2012, не соответствует данным суммы недоимки, отраженной в расчете пени по НДС в ходе ВНП. Помимо несоответствия сумм в данных недоимки, налоговым органом не учтена при расчете пени по НДС переплата, имеющаяся за период с 15.08.2011 по 20.09.2011, с 22.09.2011 по 21.11.2011, с 22.12.2011 по 20.03.2012, что подтверждается таблицей расчета пени по НДС;

в нарушение статьи 226 НК налоговым органом для определения даты выплаты заработной платы взят срок, установленный коллективным договором по Учреждению. При этом по филиалам установлены иные сроки выплаты заработной платы;

налоговый орган произвел распределение в пользу бюджета субъекта в размере 60%, что привело к неправомерному доначислению пени в доле республиканского бюджета.

Заявлением от 01 марта 2013 года Учреждение дополнило (изменило) основания заявленным требованием следующим:

давальческие материалы использовались за проверяемый период в рамках договора ООО «Кустук-2000» от 17.03.2006 №5 на выполнение работ по реконструкции нефтебазы Витимского района водных путей. Доказательством передачи давальческих материалов являются контракт № 5 от 17.03.06, акты приемки выполненных работ в сопоставлении с формами КС-2, КС-3 и.т.д.;

в рамках заключенного с ООО ПСФ «Орбита+» по строительству объекта «Поликлиника Водников» контракта Учреждение выступало посредником от своего имени между подрядчиком и поставщиками материалов, что подтверждается показаниями главного бухгалтера (протокол допроса от 24.01.2012)

Налоговый орган заявленного требования не признает по основаниям, изложенным в отзыве от 26.09.12 с дополнениями от 14.11.2012, от 10.01.2013, от 18.02.2013 __

25 февраля 2013 года налоговый орган обратился с встречным заявлением от 25.02.2013 о взыскании 65 338 934 рублей 33 копеек, в том числе налоги 45 747 573 рубля 76 копеек, пени 14 657 488 рублей 37 копеек, штрафы 4 933 872 рубля 20 копеек.

Учреждение встречных требований не признает в связи с пропуском налоговым органом срока для обращения за взысканием в суд, обжалованием решения налогового орган в полном объеме.

Дело рассматривается в порядке, предусмотренном главой 24 Арбитражного процессуального кодекса (далее АПК).

Заявлением от 20.03.2013 с дополнениями от 20.02.2013 налоговый орган уменьшил размер встречных требований до 65 128 514,28 – 3 718.

В соответствии с частью 1 статьи 49 АПК истец вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде первой инстанции до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу, изменить основание или предмет иска, увеличить или уменьшить размер исковых требований.

На основании статьи 49 АПК суд определил принять уменьшение налоговым органом размера встречных требований, поскольку это не противоречит закону и не нарушает права других лиц.

В предыдущем заседании судом заслушаны доводы сторон, исследованы доказательства, заседание отложено в связи с непредставлением налоговым органом расчета пени по НДС, поскольку заявителем оспариваются суммы пени по НДС в том числе по основанию неправомерности примененного порядка. Имеющиеся расчеты пени, по мнению заявителя, не позволяют проверить правильность и обоснованность учтенных при начислении пени сумм налога.

К судебному заседанию налоговый орган на определение суда в связи с обжалованием Учреждением пени по НДС представил уточненный расчет пени. Представитель Учреждения с правильностью расчета пени не соглашается, считает что представленный расчет пени не позволяет однозначно определить размер недоимки, на которую начислены пени.

На основании части 130 АПК суд определил требование о признании недействительным решения в части пени по НДС и встречные требования о взыскании пени по НДС., выделить в отдельное производство.

21 марта 2011 года налоговый орган вынес решение №13/1280 о проведении выездной налоговой проверки Учреждения. С решением и.о. руководителя Учреждения, действующий на основании приказа от 22.02.11 №0-44, ознакомлен под роспись 22 марта 2011 года.

04 мая 2011 года решением №13/108 проверка была приостановления в связи с необходимостью истребования документов в соответствии с пунктом 1 статьи 93.1. Налогового кодекса Российской Федерации у налогоплательщиков, указанных в решении. С решением ознакомлена главный бухгалтер Учреждения, действующая на основании доверенности от 25.03.2011 №08/36-39, под роспись 04 мая 2011 года.

22 сентября 2011 года проверка возобновлена решением №13/116. С решением ознакомлена главный бухгалтер Учреждения, действующая на основании доверенности от 25.03.2011 №08/36-39, под роспись 26 сентября 2011 года.

07 октября 2011 года составлена справка о проведенной выездной налоговой проверке. Справка вручена главному бухгалтеру Учреждения, действующей на основании доверенности от 25.03.2011 №08/36-39, под роспись 07 октября 2011 года.

18 ноября 2011 года налоговым органом составлен акт проверки №13-98 (далее Акт проверки), которым в частности зафиксировано:

Фактически за проверяемый период Учреждение осуществляет следующие виды деятельности:

работы и услуги по договорам со сторонними организациями на путевые работы: дноуглубительные, выправительные, тральные, дноочистительные, изыскательские работы по устройству и содержанию средств навигационного оборудования на внутренних водных путях, осуществляемые сверх параметров, установленных программой гарантированных габаритов и сроков действия судоходной обстановки;

навигационное обслуживание судов;

подготовку и выдачу технических условий и заключений на размещение, строительство и эксплуатацию объектов на внутренних водных путях и т.д.

доходы для налогообложения учитываются по методу начисления;

доходы от реализации в налоговой декларации по налогу на прибыль за 2008 год отражены в сумме 481 266 845 рублей;

согласно пояснениям главного бухгалтера Учреждения по уточненным декларациям доходы от реализации составят за 2008 год 479 221 250 рублей (будут уменьшены на 1 667 700 рублей в разрезе подразделений, указанных в таблице Акта проверки на стр.22);

доходы от реализации в налоговой декларации по налогу на прибыль за 2009 год отражены в сумме 316 153 672 рубля;

согласно пояснениям главного бухгалтера Учреждения по уточненным декларациям доходы от реализации составят за 2009 год 311 300 556 рублей (будут уменьшены на 4 853 114 рублей в разрезе подразделений, указанных в таблице Акта проверки на стр 37);

налогоплательщиком выставлялись счета-фактуры при отгрузке товаров, продукции ООО «ПСФ Орбита+», при этом в качестве подтверждающих отгрузку документов прилагались счета-фактуры, выставленные в адрес Учреждения сторонними организациями с приложением реестров отгруженной продукции по товарно-транспортным накладным. Данные счета-фактуры ООО «ПСФ «Орбита +» отражены в актах сверки взаимных расчетов на 31.12.2008, также данные счета-фактуры отражены в книгах покупок ООО ПСФ «Орбита+» и предъявлены им к вычету. В некоторых случаях при получении счетов-фактур от сторонних организаций, которые далее перевыставлены в адрес ООО ПСФ «Орбита+» Учреждение отражало данные счета-фактуры в книгах покупок, а при дальнейшем перевыставлении в адрес ООО ПСФ «Орбита+» не отражало в книгах продаж, а также в доходах от реализации по счетам-фактурам. Реквизиты счетов-фактур за 2008 год на общую сумму 10 470 856,38 рублей, в том числе НДС 1 597 250,66 рублей приведены в таблице на стр. 23-25 Акта проверки. В 2009 году в доходах реализации не отражена 1 счет-фактура (с записью в книге покупок) на сумму 6 746,36 рублей, в том числе НДС 1 196,40 рублей (стр. 39 Акта проверки). Кроме того, Учреждением выставлялись счета-фактуры ООО ПСФ «Орбита+» при реализации товаро-материальных ценностей (стройматериалов, ГСМ и.т.д.), а также при оказании услуг без записи в книге покупок и без отражения в доходах от реализации по счетам-фактурам. Реквизиты счетов-фактура 2008 года приведены в таблице на стр. 26-27 Акта проверки, на общую сумму 6 741 939,27 рублей, в том числе НДС 1 028 431,43 рубля. В 2009 году в доходах реализации не отражены 2 счета-фактуры (без записи в книге покупок) на общую сумму 3 111 840,51 рубля, в том числе НДС 474 687,53 рубля (стр. 40 Акта проверки);

налогоплательщиком выставлялись счета-фактуры при отгрузке товаров, продукции ООО «Кустук 2000», при этом в качестве подтверждающих отгрузку документов прилагались счета-фактуры, выставленные в адрес Учреждения сторонними организациями с приложением реестров отгруженной продукции по товарно-транспортным накладным. Данные счета-фактуры ООО «Кустук 2000» отражены в актах сверки взаимных расчетов на 31.12.2008, также данные счета-фактуры отражены в книгах покупок ООО «Кустук 2000» и предъявлены им к вычету. В некоторых случаях при получении счетов-фактур от сторонних организаций, которые далее перевыставлены в адрес ООО «Кустук 2000», Учреждение отражало данные счета-фактуры в книгах покупок, а при дальнейшем перевыставлении в адрес ООО «Кустук 2000» не отражало в книгах продаж, а также в доходах от реализации. Реквизиты счетов-фактур за 2008 год на общую сумму 3 670 472,45 рублей, в том числе НДС 559 902,59 рублей приведены в таблице на стр. 28-29 Акта проверки. Кроме того, Учреждением выставлялись счета-фактуры ООО «Кустук 2000» при реализации товаро-материальных ценностей (стройматериалов, ГСМ и.т.д.), а также при оказании услуг без записи в книге покупок и без отражения в доходах от реализации по счетам-фактурам. Реквизиты счетов –фактур за 2008 год приведены в таблице на стр. 29-30 Акта проверки, на общую сумму 14 193 110,74 рубля, в том числе НДС 2 165 050,79 рублей. В 2009 году в доходах реализации не отражены счеты-фактуры (без записи в книге покупок) на общую сумму 3 111 840,51 рубля, в том числе НДС 474 687,53 рубля (стр. 40 Акта проверки). Реквизиты счетов-фактур 2009 года приведены в таблице на стр. 41- 42 Акта проверки;

налогоплательщик выставлял счета-фактуры ОАО «ЯКСМиК» при реализации товароматериальных ценностей (стройматериалов), при этом счета-фактуры, реквизиты которых приведены в таблицах на стр.31 и 41 Акта проверки, на общую сумму 6 644 736,71 рубля ( том числе НДС 1 013 603,91 рубля) за 2008 год и на 6 833 656 рублей (в том числе НДС 1 042 422,10 рублей) за 2009 год, не отражены в доходах от реализации;

таким образом, по данным проверки при определении доходов от реализации Учреждением не были учтены доходы: за 2008 год в общей сумме 35 356 876 рублей, в том числе по ООО ПСФ «Орбита+» 14 587 113,47 рублей, по ООО «Кустук-2000» 15 138 629,81 рубля, по ОАО «ЯКСМиК» 5 631 132,80 рублей, за 2009 год в общей сумме 8 735 979 рублей, в том числе по ООО ПСФ «Орбита+» 2 642 703 рубля, по ООО «Кустук-2000» 302 041,75 рублей, по ОАО «ЯКСМиК»5 791 234 рубля;

расходы, связанные с производством и реализацией, внереализационные расходы и убытки, приравниваемые к внереализационным расходам, по налоговой декларации по налогу на прибыль за 2008 год в разрезе подразделений составили 471 840 893 рубля.

согласно пояснениям главного бухгалтера Учреждения по уточненным декларациям расходы, связанные с производством и реализацией, составят за 2008 год 449 170 996,07 рублей (будут уменьшены на 22 669 897 рублей в разрезе подразделений, указанных в таблице Акта проверки на стр.46 Акта проверки);

по Осетровскому узлу связи в расходы на оплату труда по налогу на прибыль включены суммы материальной помощи в сумме 124 750 рублей по приказам, реквизиты которых и ФИО работников, указаны в Акте проверки;

по Киренскому району Учреждения филиалом в представляемых в управление Учреждения декларациях по налогу на прибыль за 2008 год за 2009 год отражены расходы, связанные с производством и реализацией товаров в сумме 28 462 454 рубля и 38 772 320 рублей соответственно. В таблице на стр 55-56 и 69-70 приведены расходы, связанные с производством и реализацией, в разрезе статей расходов за 2008 и 2009 годы соответственно, на основании представленной в ходе проверки расшифровок. В том числе амортизация составила за 2008 год 105 948 431 рубль и за 2009 год 72 312 467 рублей. На требование от 06.10.2011 Учреждением документы, подтверждающие указанную сумму расходов по начислению амортизации, не были представлены. Налоговый орган пришел к выводу о неправомерности включения в состав расходов суммы амортизации по основным средствам при отсутствии документов, подтверждающих ее начисление;

расхождения с данными представленными в управление Учреждения составили за 2008 год 850 рублей в сторону уменьшения, за 2009 год 3 043 616 рублей в сторону увеличения. По итогам проверки расходы, связанные с производством и реализацией составили за 2008 год 28 463 304 рубля, за 2009 год 41 815 936 рублей;

по налогу на прибыль по ставке 24% за 2008 год сумма налога увеличена на 28 294 450 рублей (таблица на стр.74 Акта проверки), за 2009 год сумма убытка увеличена на 18 994 191 рубль (таблица на стр.75 Акта проверки);

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ООО ПСФ «Орбита+», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 14 587 113,47 рублей без НДС;

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ООО «Кустук 2000», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 15 138 629,81 рубля без НДС,

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ОАО «ЯКСМиК», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 5 631 132,80 рублей без НДС,

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ООО ПСФ «Орбита+», налоговая база по НДС за 2009 год налоговым органом увеличена на 2 642 703 рубля без НДС;

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ООО «Кустук 2000», налоговая база по НДС за 2009 год налоговым органом увеличена на 302 041,75 без НДС,

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ОАО «ЯКСМиК», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 5 791 234 рубля без НДС,

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ООО ПСФ «Орбита+», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 14 587 113,47 рублей без НДС;

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ООО «Кустук 2000», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 15 138 629,81 рубля без НДС,

по счетам-фактурам, выставленным в адрес ОАО «ЯКСМиК», налоговая база по НДС за 2008 год налоговым органом увеличена на 5 631 132,80 рублей без НДС,

не исчислен и не уплачен транспортный налог за 2008 год за 2009 годы на общую сумму 156 164 рубля по транспортным средствам: земснаряд «Лен-525», земснаряд «Лен 440», земснаряд «Лен 405», судно Т-16 183ВМ (рег№088053), обстановочные теплоходы (рег.№№ 74162, 107035, 153046, 153157, 153158, 170405, 170699, 172604, 172272, 172613, 194819, 197205, 210771), буксир-толкач (рег№107035), ЗИЛ 130 (рег №5568 ЯКМ), : ЗИЛ 131Н (рег № Р809ЕЕ 14), ЗИЛ -131 (рег №Р564 ВВ), ЗИЛ 157 (рег №5345 ЯКЛ), ЗИЛ 433362 (рег№ У 392 ВУ 14), ЗИЛ ММЗ-557 (рег №5635 ЯКМ), ГАЗ 310290 (рег №А575ВУ), ГАЗ 2705 (рег.№У 807 ВУ 14), ГАЗ 53 12 (рег №5746 ЯКМ), ГАЗ 672 С (рег 89 62 ЯКМ), ПАЗ 672С (рег №89 92 ЯКМ), буксирный теплоход (рег№209860, №224007), паром самоходный (рег№172756), баржа-площадка (рег№088053), трактор (рег№14 ЯГ 9266, 14 РТ 4504), Тойота Ланд Крузер (рег Р 544 ВВ),

не исчислен и не уплачен ЕСН: за 2008 год на сумму 62 207 рублей, за 2009 год на сумму 16 470 рублей с выплат в пользу физических лиц по гражданско-правовым договорам (Колымский РВПиС); за 2008 год на сумму 74 901 рубль, за 2009 год на сумму 140 437 рублей с выплат в пользу физических лиц по договорам на возмездное оказание услуг ((Витимский РВПиС); за 2008 год на сумму 120 373 рубля с премий, единовременных вознаграждений и пособий работников (Осетровский узел связи);

неполностью уплачен ЕСН за 2009 год на сумму 12 501 рубль в результате неверно применения налоговых ставок и неверного отражения сумм расходов, произведенных на цели ФСС (Осетровский узел связи)

при проведении проверки были истребованы следующие документы: своды начислений и удержаний по заработной плате сотрудников, лицевые карточки сотрудников, платежные документы на уплату НДФЛ, документы, подтверждающие выплату доходов физических лиц;

по Колымскому РВПиС с доходов физических лиц в сумме 927 083,80 рублей за 2008 год не исчислен и не перечислен в бюджет НДФЛ в сумме 120 520,89 рублей. Реквизиты договоров, РКО, сумма дохода, сумма исчисленного проверкой НДФЛ, ФИО, предметы договоров приведены в таблице на стр.245 Акта проверки. Также филиалом не представлены сведения по форме 2-НДФЛ за 2008 года шести работников;

по Колымскому РВПиС с доходов физических лиц в сумме 180 983,44 рубля за 20089год не исчислен и не перечислен в бюджет НДФЛ в сумме 23 527,84 рубля. Реквизиты договоров, РКО, сумма дохода, сумма исчисленного проверкой НДФЛ, ФИО, предметы договоров приведены в таблице на стр.246 Акта проверки. Также филиалом не представлены сведения по форме 2-НДФЛ за 2008 года шести работников;

по Алданскому РВПиС не включен в облагаемую базу НДФЛ совокупный доход лиц, указанных в таблице на стр.247 Акта проверки, на общую сумму 1 111 201,35 рублей. С учетом стандартных налоговых вычетов сумма налога составила 138 685 рублей;

по Витимскому РВПиС не удерживался НДФЛ у физических лиц по договорам гражданско-правового характера на общую сумму 95 472 рубля за 2008 год, 168 832 рубля за 2009 год. ФИО физических лиц, реквизиты платежных документов и суммы по ним, основания платежей, суммы налогообложения, суммы налога указаны в таблицах на стр.248,250 Акта проверки. Также филиалом не представлены сведения о доходах за 2008 год 13, за 2009 год 26 физических лиц;

по Осетровскому узлу связи занижена налоговая база по НДФЛ за 2010 год на 169 982,63 рубля в результате необоснованного предоставления имущественного налогового вычета налогоплательщику- физическому лицу;

в целом по Учреждению не исчислен и не уплачен НДФЛ на общую сумму 569 135,73 рубля;

начисленный и удержанный НДФЛ проверкой определен согласно сводам начислений и удержаний начисления заработной платы за 2008, 2009, 2010 и за январь-апрель 2011 года, представленных Учреждением. Выплата заработной платы производилась из кассы организации и перечислением на лицевые счета работников в банке ежемесячно 5 числа месяца, следующего за отчетным, что подтверждается ным договором. Перечисление НФДЛ в бюджет по проверке определено согласно платежным поручениям и данным КРСБ;

на дату окончания проверки – 21 мая 2011 года задолженность по НДФЛ составила 6 150 489,36 рублей.

Всего по результатам проверки установлено:

неуплата налога на прибыль за 2008 год в сумме 38 803 818 рублей,

неуплата НДС в размере 15 779 286 рублей, из них за 2008 год 10 338 140 рублей, за 2009 год 5 441 146 рублей,

неуплата транспортного налога в размере 156 164 рубля, в том числе за 2008 год 78 082 рубля, за 2009 год 78 082 рубля;

неуплата ЕСН в размере 431 532 рубля, в том числе за 2008 год 257 481 рубль, за 2009 год 174 051 рубль;

неуплата страховых взносов на обязательное пенсионное страхование в размере 254 485,04 рубля.

Итого неуплата налогов установлена на сумму 55 425 285,04 рубля;

удержан налоговым агентом, но не перечислен (не полностью перечислен) НДФЛ в размере 6 150 489,36 рублей,

не удержан и не перечислен налоговым агентом НФДЛ в размере 469 135,73 рубля, в том числе за 2008 год 215 992,89 рублей, за 2009 год 331 044,84 рубля, за 2010 года 22 098 рублей;

завышен НДС, предъявленный к возмещению, в сумме 413 976 рублей, в том числе за 1 квартал 2008 года на 280 845 рублей, за 1 квартал 2009 года на 133 131 рубль;

исчислен в завышенном размере ЕСН (в ФСС РФ) за 2009 год в размере 4 643 рубля.

Акт проверки вручен представителю Учреждения 29 ноября 2011 года

20 декабря 2011 года Учреждением представлены возражения на Акт проверки, в которых налогоплательщик сослался в том числе на следующее:

по доходам 2008 и 2009 года – Учреждение не отражало и не учитывало операции по ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук 2000», ОАО «ЯКСМиК» в составе расходов при определении налога на прибыль;

по расходам на амортизацию имущества – нарушение по Киренскому РВПиС в размере 134 019 697 рублей определяется, исходя из сумм еще не отраженных в уточненной декларации, не представленной в налоговый орган. Упомянутое в Акте проверки требование подписано за день до окончания проверки. Отсутствует информация о получении этого требования;

по налогу на добавленную стоимость – налоговый орган по операциям с ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук 2000», ОАО «ЯКСМиК» должен был уменьшить вычеты по налогу, а не исчислять налог с выписанных счетов-фактур.

27 декабря 2011 года представителю Учреждения по доверенности №08/36-116 вручено под роспись уведомление №13/247 о вызове налогоплательщика для рассмотрения материалов проверки по Акту проверки.

28 декабря 2011 года налоговым органом получено извещение Учреждения от 28.12.2011 года о рассмотрении представленных налогоплательщиком возражений на Акт проверки без участия его представителей.

28 декабря 2011 года налоговым органом рассмотрены материалы проверки, принято решение №13/229 о проведении дополнительных мероприятий налогового контроля в связи с представлением налогоплательщиком письменных возражений, уточненных деклараций, а также принято решение №13/314 о продлении срока рассмотрения материалов проверки. Копии решений вручены главному бухгалтеру Учреждения, действующей на основании доверенности от 25.03.2011 №08/36-39, под роспись 28 декабря 2011 года.

25 января 2012 года налоговым органом представителю Учреждения Винокуровой В.Т., действующей на основании доверенности от 11.01.2012, вручено уведомление №17/257 о вызове налогоплательщика 27.01.2012 для рассмотрения материалов представленных возражений по Акту проверки и проведенных дополнительных мероприятий налогового контроля.

26 января 2012 года в налоговый орган поступило извещение Учреждения о невозможности участия представителя налогоплательщика для рассмотрения представленных возражений по Акту проверки и проведенных дополнительных мероприятий налогового контроля. Также налогоплательщик просил до вынесения решения предоставить все материалы проведенных дополнительных мероприятий и протокол рассмотрения представленных возражений.

27 января 2012 года налоговым органом вынесено решение №17/323 об отложении рассмотрения материалов налоговой проверки в связи с неявкой лица, личное участие которого необходимо для их рассмотрения до 02.02.2012. С решением об отложении ознакомлена под роспись представитель Учреждения представитель Учреждения Винокурова В.Т., действующая на основании доверенности от 11.01.2012.

27 января 2012 года налоговым органом составлена справка о проведенных дополнительных мероприятиях далее справка, согласно которой налоговым органом установлено:

в части расходов по ООО «Кустук2000». В ходе проверки ООО «Кустук 2000» представлен в том числе государственный контракт от 17.03.20006 №5, согласно которому Учреждение поручает, а ООО «Кустук 2000» принимает на себя выполнение собственными силами и средствами строительно-монтажных работ на объекте «Реконструкция нефтебазы Витимского района водных путей» в соответствии с утвержденной проектно-сметной документацией. Объем выполненных работ ООО «Кустук 2000» согласно данным карточки субконто по ООО «Кустук 2000» за 2009 год оформлены проводками Дт1 106 01 0 Кт 1 302 19 на сумму 13 947 383 рубля поступление основного средства, НМА и НПА.

В части расходов по ООО ПСФ «Орбита +». С ООО ПСФ «Орбита+» заключены

- государственный контракт №3 от 29 марта 2005 года согласно которому Учреждение поручает, а ООО ПСФ «Орбита+» принимает на себя выполнение собственными силами и средствами реконструкции выправительных сооружений Ленского бассейна. Объем выполненных работ ООО ПСФ «Орбита+» согласно данным карточки субконто по ООО ПСФ «Орбита+» за 2009 год оформлены проводками Дт1 106 01 0 Кт 1 302 19 на сумму 50 000 000 рублей поступление основного средства, НМА и НПА;

- государственный контракт от 26 апреля 2006 года согласно которому Учреждение поручает, а ООО ПСФ «Орбита+» принимает на себя строительство поликлиники водников в квартале 142 города Якутска. Объем выполненных работ ООО ПСФ «Орбита+» согласно данным карточки субконто по ООО ПСФ «Орбита+» за 2009 год оформлены проводками Дт1 106 01 0 Кт 1 302 19 на сумму 337 806 30.04.2009, на сумму 900 000 рублей 31.12.2009 поступление основного средства, НМА и НПА.

В ходе проведенных налоговым органом допросов свидетели (должностные лица Учреждения) показали, что при перевыставлении счетов-фактур Учреждение не несло расходы. Кроме того, расходы произведены Учреждением по строительству амортизируемого имущества.

Контрагенты Учреждения несли фактические расходы, стоимость приобретенных тмц учитывалась при произведении расчетов по выполненным работам. Из имеющихся в материалах проверки счетов-фактур следует, что Учреждение выставило ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук 2000» счета-фактуры, суммы и количество (объем работ) по которым совпадает с данными счетов-фактур, выставленных ЗАО ПО «Ленаречтранс» и ОАО ЛОРП в адрес налогоплательщика.

Из условий имеющихся государственных контрактов следует, что материалы поставлялись за счет объема капитальных вложений;

в части расходов по ОАО «ЯКСМиК». По договору от 23.10.2008 ОАО ПО «Якутцемент» обязуется передать в собственность Учреждения цемент на общую сумму 10 143 502,65 рублей. По пункту 2.2. договора Учреждение обязалось произвести расчет за поставленную продукцию дноуглубительными работами на подходе и на акватории цементного причала в п. Мохсологох для обеспечения судоходства по тарифу 90 рублей без НДС за 1м3 извлеченного грунта. Поставка цемента подтверждается счетами-фактурами, выставленными в адрес Учреждения и реестрами отгруженной продукции по товарно-транспортным накладным, записями в книге продаж за 2008 и 2009 годы. В счет поставки цемента Учреждение выполнило дноуглубительные работы на сумму 12 488 822,6 рубля, в том числе НДС 1 905 074,64 рубля. Выполнение работ подтверждается указанными в справке документами. Далее полученный от ОАО «Якутцемент» цемент реализован ОАО ЯКСМиК. По данным книги продаж ОАО ЯКСМиК в адрес Учреждения выставлены счета-фактуры, перечисленные на страницах 7-10 справки;

по амортизации по Киренскому РВПиС. Учреждением на момент составления справки представлены: отчеты об исполнении смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств за 2008-2009 годы, отчеты об исполнении бюджета главного распорядителя за 2008-2009 годы, инвентарные карточки на амортизируемые объекты основных средств (здания) по субсчетам, приказ о проведении реконструкции выправительных сооружений за счет внебюджетных средств от 17.11.1998 №123, приказ о создании рабочей комиссии при приемке в эксплуатацию выправительных сооружений на реке Лена №101 от 15.09.1999, акт приемки в эксплуатацию после реконструкции выправительных сооружений на участке реки Лена от 20.12.1999, журнал проводок по начислению амортизации за 2008-2009 годы, расчеты амортизации по основным средствам, приобретенным за счет внебюджетных средств поквартально за 2008-2009 годы, платежные поручения на приобретение основных средств за 2007-2009 годы.

Представленные налогоплательщиком инвентарные карточки учета основных средств имеют дату составления 31.12.2011, за исключением инвентарных карточек учета основных средств №1111116 от 31.12.2009 и №1100017 от 31.12.2009. Все инвентарные карточки подписаны Довженко Т.С. В проверяемом периоде в 2008-2009 годы главным бухгалтером филиала была Осипова Л.В. Документы, подтверждающие ввод в эксплуатацию, а также приобретение основных средств налогоплательщиком не представлены. Дата составления представленных приказов 1998 и 1999 годы, при этом данные приказы составлены на бланках, в которых указано «Ленское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства Киренский район водных путей», а акт приемки в эксплуатацию после реконструкции выправительных сооружений от 20.12.1999 заверен печатью «Якутское производственное предприятие водных путей и судоходства».

После получения от Учреждения части документов и представленных пояснений требованием от 25.01.2012 истребованы документы, указанные на стр.17 справки. Документы налогоплательщиком на момент составления справки не представлены.

Справка вручена представителю Учреждения под роспись 31.01.2012

02 февраля 2012 года налоговым органом вынесено решение № 17/324 о продлении срока рассмотрения материалов проверки в связи с вручением справки о проведенных дополнительных мероприятиях налогового контроля от 27.02.2012 и представления срока для ознакомления до 02.03.2012. С решением 06 февраля 2012 года ознакомлена под роспись представитель Учреждения Винокурова В.Т., действующая на основании доверенности от 11.01.2012.

29 февраля 2012 года налоговым органом представителю Учреждения Винокуровой В.Т. вручено под роспись уведомление №17/264 о вызове налогоплательщика для рассмотрения представленных возражений по Акту проверки и проведенных дополнительных мероприятий налогового контроля.

02 марта 2012 года налоговым органом вынесено решение №17/330 об отложении рассмотрения материалов налоговой проверки в связи с неявкой лица, личное участие которого необходимо для их рассмотрения до 06.03.2012. С решением об отложении 05 марта 2012 года ознакомлена под роспись представитель Учреждения представитель Учреждения Винокурова В.Т., действующая на основании доверенности от 11.01.2012.

05 марта 2012 года налоговым органом представителю Учреждения Винокуровой В.Т., действующей на основании доверенности от 11.01.2012, вручено уведомление №17/268 о вызове налогоплательщика 06.03.2012 для рассмотрения материалов представленных возражений по Акту проверки и проведенных дополнительных мероприятий налогового контроля.

06 марта 2012 года налоговым органом с участием представителей налогоплательщика рассмотрены материалы налоговой проверки, вынесено решение о привлечении к налоговой ответственности за совершение налогового правонарушения, которым

наложены штрафные санкции за неуплату налога на прибыль за 2008 год, налога на добавленную стоимость за 4 квартал 2008 года, 1-4 кварталы 2009 года, транспортного налога за 2009 год, налога на имущество, единого социального налога за 2008 и 2009 годы, за непредставление сведений за 2008 и 2009 годы, за неисчисление и неперечисление НДФЛ, неперечисление удержанного НДФЛ. Всего на сумму 17 584 669 рублей;

начислены пени по состоянию на 06 марта 2012 года за несвоевременное перечисление налога на прибыль, налога на добавленную стоимость, транспортного налога, единого социального налога, неудержанного НДФЛ, удержанного НДФЛ. Всего на сумму 16 665 010 рублей 32 копейки;

доначислены налог на прибыль за 2008 год, налог на добавленную стоимость за 2-4 кварталы 2008 года, 1-4 кварталы 2009 год, транспортный налог за 2008, 2009 годы, единый социальный налог, установлена задолженность по НДФЛ.

предложено удержать с доходов физических лиц налог и перечислить в бюджет сумму неудержанного НДФЛ в сумме в сумме 569 136 рублей, уменьшить сумму предъявленного к возмещению НДС, на 210 420 рублей (НДС за 1 квартал 2008 год);

уменьшена сумма ЕСН за 2008 год на 4 917 рублей и на 203 003 рубля,

уменьшен убыток по налогу на прибыль за 2009 год в размере 62 161 589 рублей;

не удержан и не перечислен налоговым агентом НФДЛ в размере 469 135,73 рубля, в том числе за 2008 год 215 992,89 рублей, за 2009 год 331 044,84 рубля, за 2010 года 22 098 рублей;

6 150 489,36 рублей,

завышен НДС, предъявленный к возмещению, в сумме 413 976 рублей, в том числе за 1 квартал 2008 года на 280 845 рублей, за 1 квартал 2009 года на 133 131 рубль;

исчислен в завышенном размере ЕСН (в ФСС РФ) за 2009 год в размере 4 643 рубля;

Копия решения вручена представителю Учреждения Винокуровой В.Т. под роспись 04.04.2012.

23 июля 2012 года по апелляционной жалобе Учреждения вынесено решение Управления ФНС России по РС(Я) №04-22/07747, которым решение налогового органа отменено в части

доначисления налога на прибыль за 2008 год в размере 1 020 179 рублей,

суммы убытка за 2009 год в размере 1 110 010 рублей 60 копеек;

доначисления единого социального налога за 2008 года (федеральный бюджет_ в размере 6 503 рубля, штрафа по ЕСН в части федерального бюджета в размере 12 246 рублей, в части ФФОМС в размере 2 301 рубль, в части ТФОМС в размере 1 732 рубля, соответствующих сумм пени;

штрафа по налогу на имущество за 2008 года в размере 197 453 рубля;

в части задолженности по НДФЛ в размере 700 000 рублей, соответствующих сумм пени;

штрафа с неисчисленного НДФЛ в размере 27 353 рубля.

Решением УФНС России по РС(Я) суммы штрафов уменьшены в 2 раза.

Требованием №2 об уплате налога, сбора, пени штрафа по состоянию на 06.08.2012 налоговый орган предложил Учреждению добровольно уплатить в срок до 24 августа 2012 года начисленных по решению от 06.03.2012 №17/645 недоимки по налогам на общую сумму 46 457 180,73 рубля, пеней на общую сумму 14 657 488,37 рублей, штрафов на общую сумму 4 933 872,20 рублей.

28 августа 2012 года не согласившись с законностью и обоснованность решения налогового органа, Учреждение обратилось в Арбитражный суд Республики Саха (Якутия) с заявлением о признании решения недействительным полностью.

25 февраля 2013 года налоговый орган обратился с встречным исковым заявлением о взыскании. Заявление поступило в суд 26 февраля 2013 года. Обращение с встречными требованиями в суд произведено налоговым органом путем сдачи заявления на почту 25.02.3013.

Размер встречных требований с учетом уменьшения составляет:

- налог на прибыль в размере 32 825 366,38 руб., пени по налогу на прибыль в размере 9 775 529,18 руб., штрафы в размере 3 282 536,2 руб.;

- налог на добавленную стоимость в размере 7 729 503 руб., штраф по налогу на добавленную стоимость в размере 296 003 руб.;

- транспортный налог в размере 155 474 руб., пени по транспортному налогу в размере 36 386,51 руб., штраф по транспортному налогу в размере 7 808 руб.;

- единый социальный налог в размере 291 979 руб., в том числе зачисляемый в федеральный бюджет в размере 185 915 руб., фонд социального страхования – 22 415 руб., фонд обязательного медицинского страхования – 30 280 руб., территориальный фонд обязательного медицинского страхования - 53 369 руб., пени по единому социальному налогу в размере 15 226,6 руб., в том числе зачисляемый в федеральный бюджет в размере 7 831,91 руб., фонд обязательного медицинского страхования - 2 623,65 руб., территориальный фонд обязательного медицинского страхования - 4 771,04 руб., штраф по единому социальному налогу в размере 8 422 руб., в том числе зачисляемый в федеральный бюджет в размере 4 939 руб., фонд обязательного медицинского страхования - 868 руб., территориальный фонд обязательного медицинского страхования - 2 615 руб.

- налог на доходы физических лиц в размере 4 531 113,38 руб., пени по налогу на доходы физических лиц в размере 2 781 572,57 руб., штраф по налогу на доходы физических лиц в размере 1 337 428 руб.;

- штраф по ст. 126 НК в размере 1 675 рублей.

Учреждением оспаривается увеличение налоговым органом налоговой базы налогу на прибыль, налогу на добавленную стоимость, начисление соответствующих сумм пени и штрафов по операциям передачи товарно-материальных ценностей ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук», ОАО «ЯКСМиК». По мнению заявителя, налоговым органом не доказан факт реализации товаров, так как налоговым органом не получены доказательства отгрузки товаров ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук», не учтены условия договоров Учреждения с ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук», ОАО «ЯКСМиК».

Как установлено проверкой, и не оспаривается заявителем, Учреждением выставлялись счета-фактуры при отгрузке товаров (услуг) ООО «ПСФ Орбита+», ООО «Кустук», ОАО «ЯКСМиК». Реквизиты счетов-фактур приведены в Акте проверки, решении, копии счетов-фактур представлены налоговым органом в материалы дела. При этом, как установлено проверкой, суммы по данным счетам-фактурам, не отражались Учреждением в книге продаж и в доходах от реализации. Основанием для доначисления сумм налога на прибыль и налога на добавленную стоимость послужил вывод налогового органа о занижении налоговой базы на суммы доходов от реализации по соответствующим счетам-фактурам.

На доводы Учреждения об отсутствии доказательств Учреждением отгрузки товарно-материальных ценностей (услуг) ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук 2000» налоговый орган пояснил что отпуск ТМЦ не оформлялся Учреждением товарной накладной формы ТОРГ-12, а оформлялся счетами –фактурами с приложением товарных накладных и счетов-фактур, полученных от поставщиков и требованиями формы №М-11. При этом форма №М-11 содержит обязательные реквизиты, предусмотренные Федеральный законом «О бухгалтерском учете». Налоговый орган считает, что доводы заявителя об отсутствии доказательств отгрузки, не соответствуют установленным проверкой обстоятельствам, отсутствие доказательств отгрузки в виде формы ТОРГ-12 обусловлено неисполнением самим Учреждением обязанности по правильному оформлению отпуска ТМЦ с применением товарной накладной формы ТОРГ-12.

Согласно материалам проверки в качестве подтверждающих отгрузку документов налоговым органом, использованы приложенные к выставленным Учреждениям спорным счетам-фактурам: счета-фактуры, выставленные в адрес Учреждения поставщиками товаров, реестры товарно-транспортных накладных, товарные накладные, требования, накладные на отпуск материалов на сторону и др. Реквизиты первичных документов приведены в таблицах на стр. 23-25, 26-27, 28-29, 29-30 Акта проверки, копии представлены в материалы дела. Кроме того, спорные счета-фактуры Учреждения представлены налоговому органу в ходе встречных проверок ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук». Данные счета-фактуры ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук 2000» отражены в актах сверки взаимных расчетов на 31.12.2008, в книгах покупок ООО ПСФ «Орбита+», ООО «Кустук 2000» и предъявлены ими к вычету

Доводы Учреждения о неподтвержденности реализации товаров (услуг) в связи с отсутствием доказательств отгрузки товаров ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук 2000» судом отклоняются.

Как установлено налоговым органом и следует из материалов дела в некоторых случаях при получении счетов-фактур от сторонних организаций, которые далее в последующем выставлены в адрес ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук-2000» Управление отражало данные счета-фактуры в книгах покупок, в ряде случаев Учреждением выставлялись счета-фактуры ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук-2000» без отражения в книге покупок. Во всех случаях спорные счета-фактуры Учреждением не отражались в книге продаж.

Всего по ООО ПСФ «Орбита+» спорные счета-фактуры занесены в книгу покупок за 2008 год на сумму 10 470 856,38 рублей, в том числе НДС 1 597 250,66 рублей, за 2009 год на сумму 6 746,36 рублей, в том числе НДС 1 196,40 рублей. Без занесения в книгу покупок в адрес ООО ПСФ «Орбита+» Учреждением выставлены счета-фактуры в 2008 году на сумму 6 741 939,27 рублей, в том числе НДС 1 028 431,43 рубля, в 2009 году на сумму 3 111 840,51 рубля, в том числе НДС 474 687,53 рубля.. По ООО «Кустук -2000» счета-фактуры не занесены в книгу покупок за 2008 год на сумму 3 670 472,45 рублей, в том числе НДС 559 902,59 рублей. Без записи в адрес ООО «Кустук-2000» в 2008 году выставлены счета-фактуры на сумму 14 193 110,74 рубля, в том числе НДС 2 165 050,79 рублей, в 2009 году на сумму 3 111 840,51 рубля, в том числе НДС 474 687,53 рубля.

Пунктом 1 статьи 38 НК Российской Федерации – далее НК объектом налогообложения признается реализация товаров (работ, услуг), имущество, прибыль, доход, расход или иное обстоятельство, имеющее стоимостную, количественную или физическую характеристику, с наличием которого законодательство о налогах и сборах связывает возникновение у налогоплательщика обязанности по уплате налога. Каждый налог имеет самостоятельный объект налогообложения, определяемый в соответствии с частью второй настоящего Кодекса и с учетом положений настоящей статьи.

Пунктом 1 статьи 39 НК реализацией товаров, работ или услуг организацией признается соответственно передача на возмездной основе права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, передача права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу - на безвозмездной основе.

По налогу на прибыль организацией объектом налогообложения признается прибыль, полученная налогоплательщиком. Прибылью в целях настоящей главы признается полученные доходы, уменьшенные на величину произведенных расходов (статья 247 НК). Доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав (пункт 1 статьи 249 НК).

По налогу на добавленную стоимость объектом налогообложения признается реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, в том числе реализация предметов залога и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного или новации, а также передача имущественных прав (подпункт 1 пункта 1 статьи 146 НК). В соответствии с пунктом 1 статьи 154 НК налоговая база при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг) определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со статьей 40 настоящего Кодекса, с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них налога.

Заявитель, оспаривая решение в рассматриваемой части, ссылается на то, что по спорным счетам-фактурам Учреждение в рамках заключенных с ООО ПСФ «Орбита+» и ООО «Кустук-2000» государственных контрактов передавало товарно-материальные ценности ООО ПСФ «Орбита+» в качестве посредника и ООО «Кустук-2000» в качестве заказчика по договору подряда, передающего давальческое сырье и материалы,.

По государственному контакту от 01 января 2006 года (том 24 л.д. 117-119) с ООО «Кустук-2000» Учреждение поручает, а ООО «Кустук-2000» как подрядчик принимает на себя выполнение собственными силами и средствами строительно-монтажных работ на объекте «Реконструкция нефтебазы Витимского района водных путей». Пунктами 4.2 государственного контракта и дополнительного соглашения №1 к нему Учреждение как заказчик обязалось предоставить подрядчику по заявке материалы, оборудование, специализированную технику поставок заказчика для производства работ.

В соответствии с пунктом 1 статьи 704 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее ГК) если иное не предусмотрено договором подряда, работа выполняется иждивением подрядчика - из его материалов, его силами и средствами.

В вышеупомянутых пунктах 4.2. контракта и дополнительного соглашения к нему не конкретизированы условия предоставления Учреждения материалов.

Не подтверждается и исполнение договора подряда на условиях предоставления заказчиком ООО «Кустук-2000» давальческого сырья и конклюдентными действиями сторон по договору в части материалов, переданных Учреждением по спорным счетам-фактурам.

Давальческие материалы - это материалы, принятые организацией от заказчика для переработки (обработки), выполнения иных работ или изготовления продукции без оплаты стоимости принятых материалов и с обязательством полного возвращения переработанных (обработанных) материалов, сдачи выполненных работ и изготовленной продукции (пункт 156 Методических указаний по бухгалтерскому учету МПЗ, утвержденных Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 28.12.2001 N 119н – далее Методические указания №119н).

Законодательством прямо не установлено, каким документом должна оформляться передача давальческих материалов, таким образом, давалец вправе использовать любой документ для оформления операций по перемещению материалов.

Как установлено проверкой, подтверждается материалами дела и не оспаривается заявителем, Учреждение, передавая материалы подрядчику, выставляло в адрес последнего счета-фактуры с выделением НДС. Подрядчик – ООО «Кустук-2000» отражало полученные от Учреждения счета-фактуры в книге покупок и предъявило суммы НДС к вычету.

В соответствии со статьей 169 НК Российской Федерации (далее Кодекса) счет - фактура является документом, служащим основанием для принятия предъявленных сумм налога на добавленную стоимость к вычету или возмещению.

Таким образом, обоюдными действиями сторон по государственному контакту от 01 января 2006 года, выразившимися в выставлении Учреждением спорных счетов-фактур и принятии данных счетов-фактур ООО «Кустук-2000» к вычету подтверждается реализация заказчиком по договору подряда подрядчику материалов на возмездной основе, а не передача материалов в качестве давальческих.

При подписании актов сверки стоимость переданных Учреждением материалов отражалась как задолженность Учреждения. Тем самым стороны подтвердили, что Учреждением материалы подрядчику реализованы, а не переданы в качестве давальческого сырья.

Не подтверждается и передача Учреждением материалов в качестве давальческого сырья и отражением в бухгалтерском учете организации.

Пунктом 157 Методических указаний №119н организации, передавшей свои материалы другой организации для выполнения работ как давальческие, предписано стоимость таких материалов с баланса не списывать, а продолжать учитывать на счете учета соответствующих материалов (на отдельном субсчете).

Как установлено проверкой и подтверждается материалами дела передача приобретенных Учреждением материалов ООО «Кустук-2000» в бухгалтерском учете оформлена согласно данным карточки субконто по ООО «Кустук 2000» проводками Дт1 106 01 0 Кт 1 302 19.

Учреждение, ссылаясь на условия передачу материалов в качестве давальческого сырья, не представило доказательств внесения соответствующих исправлений в документы налоговой и бухгалтерской отчетности, в том числе не представило доказательств аннулирования (исправления) выставленных в адрес ООО «Кустук-2000» спорных счетов-фактур.

С учетом вышеизложенного доводы Учреждения о неправомерности и недоказанности выводов налогового органа о занижении налоговой базы по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость на суммы реализации материалов ООО «Кустук-2000» по выставленным Учреждением счетам-фактурам судом отклоняются.

По государственному контракту от 01 апреля 2006 года (том 23 л.д. 60 68) с ООО ПСФ «Орбита+» Учреждение поручает, а ООО ПСФ «Орбита +» как подрядчик принимает на себя выполнение работ по строительству «Поликлиника «Водников» в квартале 142 г. Якутска. Пунктом 10.4. государственного контракта предусмотрено право заказчика (Учреждения) выступать посредником для подрядчика при приобретении необходимых строительных материалов через своих поставщиков.

На основании пункта 3 статьи 421 ГК стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.

Постановлением Правительства Российской Федерации от 02 декабря 2000 года №914 утверждены Правила ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость – далее Правила, определяющие порядок ведения покупателями и продавцами товаров (выполненных работ, оказанных услуг), имущественных прав - плательщиками налога на добавленную стоимость журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, а также оформления дополнительных листов книги покупок и дополнительных листов книги продаж.

В соответствии с пунктом 3 Правил комиссионеры либо агенты, совершающие действия от своего имени, хранят счета-фактуры, полученные от продавцов по приобретенным для комитента либо принципала товарам (работам, услугам), имущественным правам и по оплате, частичной оплате в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, в журнале учета полученных счетов-фактур.

На основании пункта 7 Правил счета-фактуры, выставленные доверителю, комитенту или принципалу организациями, осуществляющими предпринимательскую деятельность в интересах другого лица по договорам поручения, комиссии либо агентским договорам, на сумму своего вознаграждения, регистрируются в книге покупок доверителя, комитента или принципала.

В соответствии с пунктом 11 в книге покупок не регистрируются счета-фактуры, полученные комиссионером (агентом) от комитента (принципала) по переданным для реализации товарам либо от продавца товаров, выписанные на имя комиссионера (агента).

Таким образом посредник регистрирует оба счета-фактуры в журналах учета полученных и выставленных счетов-фактур, но не отражает их в книге покупок и книге продаж. Данный вывод также изложен в письме МНС России от 21.05.2001 N ВГ-6-03/404 "О применении счетов-фактур при расчетах по налогу на добавленную стоимость".

Как установлено проверкой при выполнении операций передачи товарно-материальных ценностей и услуг ООО ПСФ «Орбита+» Учреждение при выставлении в адрес подрядчика счетов-фактур, полученных от поставщиков товаров (услуг), в некоторых случаях отражало счета-фактурах в книге покупок. В ряде случаев Учреждение, выставляя счета-фактуры в адрес ООО ПСФ «Орбита+», их не фиксировало в книге покупок. При этом во всех случаях перевыставления счетов-фактур Учреждение не отражало стоимость переданных материалов ни в книге продаж, ни в доходах реализации.

В ходе проверки налоговым органом установлено, что Учреждение выставило ООО ПСФ «Орбита+» счета-фактуры, суммы и количество (объем работ) по которым совпадает с данными счетов-фактур, выставленных ЗАО ПО «Ленаречтранс» и ОАО ЛОРП в адрес налогоплательщика.

На основании вышеизложенного суд приходит о необоснованности выводов налогового органа в части занижения налоговой базы по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость по счетам-фактурам, выставленным Учреждением в адрес ООО ПСФ «Орбита+» без записи в книге покупок и книге продаж, поскольку такие действия налогоплательщика соответствуют нормам законодательства о порядке выставления счетов-фактур по сделкам приобретения товаров (услуг) комиссионера для комитента от своего имени.

Доводы Учреждения о неправомерности выводов налогового органа в части занижения налоговой базы по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость по счетам-фактурам, выставленным Учреждением в адрес ООО ПСФ «Орбита+» с регистрацией в книге покупок судом отклоняются, так как при приобретении товаров (услуг) счета-фактуры, полученные от поставщиков товаров (услуг) не подлежат регистрации в книге покупок комиссионера. В соответствии с Правилами книга покупок, предназначена для регистрации счетов-фактур, выставленных продавцами, в целях определения суммы налога на добавленную стоимость, предъявляемой к вычету (возмещению). Учреждение не представило в материалы дела доказательств аннулирования (исправления) спорных счетов-фактур в порядке, установленном пунктом 7 Правил.

В ходе проверки налоговым органом также установлено занижение налоговой базы по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость по операциям реализации товароматериальных ценностей (стройматериалов) ОАО «ЯКСМиК».

Основанием для доначисления сумм налогов послужили установленные проверкой факты выставления Учреждением ОАО «ЯКСМиК» при реализации товароматериальных ценностей (стройматериалов). Счета-фактуры в 2008 году выставлены на общую сумму 6 644 736,71 рубля, в том числе НДС 1 013 603,91 рубля и в 2009 году на 6 833 656 рублей, в том числе НДС 1 042 422,10 рублей.

С учетом вышеизложенных выводов суда о доказанности налоговым органом фактов отгрузки Учреждением товароматериальных ценностей, а также вышеизложенных норм о порядке исчисления налоговой базы по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость увеличение проверкой налоговой базы по налогам на соответствующие суммы стоимости тмц, реализованных ОАО «ЯКСМиК», следует признать обоснованными и правомерными.

Всего по итогам проверки с учетом вышеизложенного подлежит признанию неправомерным увеличение налоговой базы по налогу на прибыль (доходы) за 2008 год на 6 741 939,27 рублей, за 2009 год на 2 637 152,98 рублей. По налогу на добавленную стоимость налог к уплате в бюджет подлежит уменьшению в следующих размерах: за 1 квартал 2008 года на 137 141,61 рубля, за 2 квартал 2008 года на 196 168,32 рубля, за 3 квартал 2008 года на 348 062,81 рубля, за 4 квартал 2008 года на 347 058,69 рублей, за 1 квартал 2009 года на 472 847,46 рублей, за 3 квартал 2009 года на 1 840,07 рублей.

В части установленного проверкой занижения доходов от реализации за 2008 год по Верхне-Ленскому РВПиС на сумму 9 757 рублей Учреждением доводов о неправомерности решения не приведено, доказательств необоснованности выводов налогового органа не представлено. Актом проверки зафиксировано занижение суммы доход на 149 620 рублей. По результатам дополнительных мероприятий налогового контроля налоговым органом приняты возражения налогоплательщика, выручка от реализации уменьшены на доходы по оказанию ритуальных услуг, облагаемых ЕНВД. Согласно данным кассовых документов, дополнительных листов книги продаж за 1-4 кварталы 2008 года доходы по оказанию ритуальных услуг составили 72 311,96 рублей. Доходы от реализации по филиалу по данным проверки составили 43 969 887 рублей. По данным уточненной декларации доходы от реализации составили 43 979 644 рубля.

Учреждение не согласно с решением налогового органа в связи с непринятием в расходы, уменьшающих налог на прибыль за 2008 год, затрат Учреждения, связанных с приобретением товароматериальных ценностей (стройматериалов), реализованных ОАО «ЯКСМиК».

На основании пункта 1 статьи 252 НК в целях исчисления налога на прибыль налогоплательщик уменьшает полученные доходы на сумму произведенных расходов.

Расходами признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты (а в случаях, предусмотренных статьей 265 настоящего Кодекса, убытки), осуществленные (понесенные) налогоплательщиком.

Под обоснованными расходами понимаются экономически оправданные затраты, оценка которых выражена в денежной форме.

Под документально подтвержденными расходами понимаются затраты, подтвержденные документами, оформленными в соответствии с законодательством Российской Федерации, либо документами, оформленными в соответствии с обычаями делового оборота, применяемыми в иностранном государстве, на территории которого были произведены соответствующие расходы, и (или) документами, косвенно подтверждающими произведенные расходы (в том числе таможенной декларацией, приказом о командировке, проездными документами, отчетом о выполненной работе в соответствии с договором). Расходами признаются любые затраты при условии, что они произведены для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.

Всего в 2008 году Учреждением реализовано цемента по счетам-фактурам от 2008 года на сумму 6 644 736, 71 рубль, в том числе НДС 1 013 603,91 рубль, по счетам –фактурам 2009 года на сумму 6 833 656 рублей, в том числе НДС 1 042 656 рублей.

Налогоплательщик, возражая на Акт проверки, ссылался на необоснованность непринятия налоговым органом соответствующих расходов на приобретение реализованных ОАО «ЯКСМиК» товароматериальных ценностей (цемент).

В ходе дополнительных мероприятий налогового контроля налоговым органом установлено, что реализованный ОАО «ЯКСМиК» товар (цемент) приобретен Учреждением у ОАО ПО «Якутцемент» по договору №04-01-2008-008 от 23.10.2008. Поставка цемента подтверждается представленным ОАО ПО «Якутцемент» счетами-фактурами, выставленными в адрес Учреждения, реестрами отгруженной продукции по товарно-транспортным накладным, записями в книге продаж за 2008 и 2009 годы.

Как следует из материалов проверки, в соответствии с договором от 23.10.2008 №04-01-2008-008 ОАО ПО «Якутцемент» обязуется передать в собственность Учреждения цемент М400 в МКР и в бум.таре, цемент М500 россыпь. Согласно пункту 2.2. договора покупатель – Учреждение обязуется произвести расчет за поставленную продукцию дноуглубительными работами на подходе и на акватории цементного причала в п. Мохсоголлох для обеспечения судоходства по тарифу 90 рублей без НДС за 1м3 извлеченного грунта.

В счет поставки цемента по договору с ОАО ПО «Якутцемент» Учреждение выполнило в 2009 году дноуглубительные работы в акватории цементного причала в п. Мохсололлох и изыскательские работы.

Как установлено дополнительными мероприятиями налогового контроля в 2008 году в адрес Учреждения ОАО ПО «Якутцемент» на общую сумму 6 644 736, 71 рубль, в том числе НДС 1 013 603,91 рубля выставлены счета –фактуры №6761 от 20.11.2008, №6673 от 10.11.2008, №6674 от 10.11.2008, №6785 от 20.11.2008, №6911 от 30.11.2008, №7126 от 10.12.2008, №7425 от 31.12.2008.

Расходы на приобретение Учреждением у ОАО ПО «Якутцемент» налоговым органом не приняты в связи с тем, что за поставленный цемент Учреждение рассчиталось выполнением дноуглубительных работ. Налоговый орган пришел к выводу о том, что расходы, связанные с реализацией цемента ОАО «ЯКСМиК» напрямую относятся к выполненным дноуглубительным работам, затраты по которым считаются расходами по приобретению спорного цемента ОАО «Якутцемент», реализованного в дальнейшем ОАО «ЯКСМиК».

При рассмотрении апелляционной жалобы Управлением ФНС России по РС(Я) приняты доводы жалобы относительно расходов по приобретению цемента у ОАО ПО «Якутцемент» на сумму 7 099 209,60 рублей. Управлением приняты расходы по реализации Учреждением цемента ОАО «ЯКСМиК» в связи с тем, что источником приобретения цемента, впоследствии реализованного ОАО «ЯКСМиК» по данным счетам-фактурам, являются внебюджетные средства – доходы от платных услуг по выполнению дноуглубительных работ.

На основании пункта 3 статьи 421 ГК стороны могут заключить договор, в котором содержатся элементы различных договоров, предусмотренных законом или иными правовыми актами (смешанный договор). К отношениям сторон по смешанному договору применяются в соответствующих частях правила о договорах, элементы которых содержатся в смешанном договоре, если иное не вытекает из соглашения сторон или существа смешанного договора.

Таким образом, договор от 23.10.2008 №04-01-2008-008 с ОАО ПО «Якутцемент» содержит элементы договора поставки и договора подряда.

По договору купли-продажи одна сторона (продавец) обязуется передать вещь (товар) в собственность другой стороне (покупателю), а покупатель обязуется принять этот товар и уплатить за него определенную денежную сумму (цену) (пункт 1 статьи 454 ГК).

По договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны (заказчика) определенную работу и сдать ее результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его (пункт 1 статьи 702 ГК).

Пунктом 1 статьи 38 НК объектом налогообложения признается реализация товаров (работ, услуг), имущество, прибыль, доход, расход или иное обстоятельство, имеющее стоимостную, количественную или физическую характеристику, с наличием которого законодательство о налогах и сборах связывает возникновение у налогоплательщика обязанности по уплате налога. Каждый налог имеет самостоятельный объект налогообложения, определяемый в соответствии с частью второй настоящего Кодекса и с учетом положений настоящей статьи.

Пунктом 1 статьи 39 НК реализацией товаров, работ или услуг организацией признается соответственно передача на возмездной основе права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, передача права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу - на безвозмездной основе.

По налогу на прибыль организацией объектом налогообложения признается прибыль, полученная налогоплательщиком. Прибылью в целях настоящей главы признается полученные доходы, уменьшенные на величину произведенных расходов (статья 247 НК). Доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав (пункт 1 статьи 249 НК).

По налогу на добавленную стоимость объектом налогообложения признается реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, в том числе реализация предметов залога и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного или новации, а также передача имущественных прав (подпункт 1 пункта 1 статьи 146 НК).

Таким образом, по договору от 23.10.2008 №04-01-2008-008 у Учреждения возникает объект налогообложения в виде доходов от реализации дноуглубительных работ. Занижения налоговой базы по налогу на прибыль и налогу на добавленную стоимость на суммы доходов от выполнения дноуглубительных работ налоговым органом не установлено.

При реализации в последующем приобретенного у ОАО ПО «Якутцемент» цемента ОАО «ЯКСМиК» Учреждение должно определить налоговую базу в размере полученных доходов от реализации (стоимости реализованных тмц). Выводы налогового органа о занижении Учреждением налоговой базы по налогу на прибыль и по налогу на добавленную стоимость на суммы доходов от реализации ОАО «ЯКСМиК» цемента судом признаны правомерными и обоснованными.

Вместе с тем, на основании пункта 1 статьи 252 НК в целях исчисления налога на прибыль полученные доходы от реализации подлежат уменьшению на сумму произведенных расходов.

В соответствии с подпунктом 3 пункта 1 статьи 268 НК при реализации покупных товаров налогоплательщик вправе уменьшить доходы от таких операций на стоимость на стоимость приобретения данных товаров, определяемую в соответствии с принятой организацией учетной политикой для целей налогообложения.

Как следует из материалов дела и зафиксировано Актом проверки доходы для целей налогообложения Учреждением в спорные налоговые периоды учитывались по методу начисления.

В соответствии с пунктом 1 статьи 272 НК при методе начисления расходы, принимаемые для целей налогообложения, признаются таковыми в том отчетном (налоговом) периоде, к которому они относятся, независимо от времени фактической выплаты денежных средств и (или) иной формы их оплаты и определяются с учетом положений статей 318 - 320 настоящего Кодекса. Расходы признаются в том отчетном (налоговом) периоде, в котором эти расходы возникают исходя из условий сделок. В случае, если сделка не содержит таких условий и связь между доходами и расходами не может быть определена четко или определяется косвенным путем, расходы распределяются налогоплательщиком самостоятельно.

Датой осуществления материальных расходов признается: дата передачи в производство сырья и материалов - в части сырья и материалов, приходящихся на произведенные товары (работы, услуги); дата подписания налогоплательщиком акта приемки-передачи услуг (работ) - для услуг (работ) производственного характера (пункт 2 статьи 272 НК).

Поскольку Учреждением использовался метод начисления то для определения периода признания расходов по приобретенному у ОАО ПО «Якутцемент» цементу для целей определения базы по налогу на прибыль не имеет значения фактическая оплата за приобретенный Учреждением товар (дата принятия ОАО ПО «Якутцемент» как заказчика выполненных Учреждением дноуглубительных работ).

Факт оплаты Учреждением за поставленный ОАО ПО «Якутцемент» товар (цемент) внебюджетными средствами установлен вышестоящим налоговым органом и подтверждается материалами дела.

Приобретенный Учреждением цемент реализован ОАО «ЯКСМиК» в 2008 году по счетам –фактурам №931, 933.

Таким образом, расходы по приобретению Учреждением цемента по счетам-фактурам ОАО ПО «Якутцемент» №6761 от 20.11.2008, №6673 от 10.11.2008, №6674 от 10.11.2008, №6785 от 20.11.2008, №6911 от 30.11.2008, №7126 от 10.12.2008, №7425 от 31.12.2008 на общую сумму5 631 132,80 рублей (без НДС) подлежат отнесению на расходы по налогу на прибыль за 2008 год.

В данной части доводы Учреждения судом принимаются, доводы налогового органа отклоняются.

Расходы, связанные с приобретением цемента в 2009 году, приняты вышестоящим налоговым органом при рассмотрении апелляционной жалобы Учреждения, на соответствующие суммы размер доначисленного налога на прибыль за 2009 год уменьшен.

В ходе проверки налоговым органом установлено и Актом проверки (на стр. 46 и 61) зафиксировано, что по Киренскому району Учреждения филиалом в представляемых в управление Учреждения декларациях по налогу на прибыль за 2008 год за 2009 год отражены расходы, связанные с производством и реализацией товаров, в сумме 28 462 454 рубля и 38 772 320 рублей соответственно.

Далее в Акте проверки указано, что по уточненным данным налогоплательщика расходы, связанные с производством и реализацией, составят за 2008 год 449 170 996,07 рублей, в том числе по Киренскому РВПиС 105 557 243 рубля, за 2009 год 393 899 801,60 рублей, в том числе по Киренскому РВПиС 95 116 895 рублей. Данные о суммах корректировки налоговым органом использованы согласно пояснениям главного бухгалтера Учреждения.

В таблице на стр 55-56 и 69-70 приведены расходы, связанные с производством и реализацией, по Киренскому РВПиС в разрезе статей расходов за 2008 и 2009 годы соответственно, на основании представленных в ходе проверки расшифровок. В том числе амортизация по Киренскому РВПиС составила за 2008 год 105 948 431 рубль и за 2009 год 72 312 467 рублей. На требование от 06.10.2011 Учреждением документы, подтверждающие указанную сумму расходов по начислению амортизации, не были представлены. Налоговый орган пришел к выводу о неправомерности включения в состав расходов суммы амортизации по основным средствам при отсутствии документов, подтверждающих ее начисление.

По данным проверки, зафиксированным в Акте проверки, расходы Учреждения по Киренскому филиалу определены в размере 28 463 304 рубля, в том числе амортизация 392 038 рублей за 2008 год, и 41 815 936 рублей (расхождения в сторону увеличения составили 3 043 616 рублей). То есть налоговым органом при составлении Акта проверки расходы проверены без учета расходов на амортизационные отчисления, в последующем заявленные в уточненных декларациях.

В данной части судом отклоняются доводы заявителя о наличии основания признания недействительным решения налогового органа в целом в связи с тем, что налоговый орган сравнил данные проверки с еще с непредставленными в налоговый орган декларациями.

Уточненные налоговые декларации по налогу на прибыль за 2008 и 2009 годы сданы Учреждением 29 ноября 2011 года, то есть окончания проверки и составления Акта проверки.

Суммы расходов по уточненным декларациям составили: за 2008 год 449 170 997 рублей и за 2009 год 393 899 803 рубля.

По данным УНД расходы по Киренскому филиалу возросли за счет увеличения суммы амортизации за 2008 год на 105 556 393 рубля и составили 105 948 431 рубль, за 2009 год на 53 300 959 рублей и составили 72 312 467 рублей. В остальной части установленные проверкой нарушения по завышению расходов Учреждением устранены путем корректировки соответствующих данных в налоговых декларациях.

На основании подпункта 2 пункта 10 статьи 89 НК налоговый орган, ранее проводивший проверку, может провести на основании решения его руководителя (заместителя руководителя) - в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации, в которой указана сумма налога в размере, меньшем ранее заявленного. В рамках этой повторной выездной налоговой проверки проверяется период, за который представлена уточненная налоговая декларация.

Как видно из материалов дела, по результатам выездной налоговой проверки налоговый орган доначислил Обществу налог на прибыль за 2008 и 2009 годы в связи с занижением выручки за 2008 и 2009 годы и завышением расходов за 2008 год. При этом

за 2008 год налоговым органом расходы по налогу на прибыль уменьшены на 128 345 890 руб. в связи с увеличением проверкой расходов на 14 136 493 руб. по Верхнеленскому РВПиС, на 45 271 438,64 руб. по Якутскому РВПиС, уменьшением проверкой расходов на 347 870 руб. по ПТУ, на 710 482,49 руб. по Вилюйскому РВПиС, на 30 000 руб. по Алданскому РВПиС, на 1 051 397 руб. по Янскому РВПиС, на 2 рубля по Колымскому РВПиС, на 445 382 руб. по Жиганскому РВПиС, на 119 600 руб. по Осетровскому РВПиС, на 850 руб. по Киренскому РВПиС, на 185 049 937,96 руб. по Управлению, всего на 187 755 521,45 рублей,

за 2009 год налоговым органом расходы по налогу на прибыль увеличены на 22 877 056 руб. в связи с увеличением проверкой расходов по Якутскому РВПиС на 36 296 079 руб., по Вилюйскому РВПиС на 91 572,73 руб., по Алданскому РВПиС на 2 538 321 руб., по Янскому РВПиС на 6 969 319 руб., по Жиганскому РВПиС на 124 650 руб., по Киренскому РВПиС на 3 043 616 руб., уменьшением проверкой расходов по Осетровскому РВПиС 124 650 руб., по Управлению на 26 204 056 руб.

Представляя уточненные налоговые декларации за проверенный период, Учреждение с учетом выявленных в ходе проверки нарушений частично скорректировало в сторону увеличения доходную часть (по сравнению с данными первоначальных деклараций). Одновременно налогоплательщик внес изменения и в расходную часть деклараций, увеличив расходы при налогообложении прибыли за счет увеличения амортизационных отчислений по Киренскому РВПиС, которые не учитывались им при составлении первоначальных деклараций.

Таким образом, увеличение в уточненных декларациях (по сравнению с первоначальными декларациями) исчисленного к уплате налога обусловлено тем, что налогоплательщик самостоятельно увеличил доходную часть на те суммы, которые были доначислены ему по Акту проверки.

Поскольку расходная часть уточненных налоговых деклараций корректировалась налогоплательщиком на расходам, которые ранее не были отражены в первоначальных декларациях и не были уменьшены в рамках выездной проверки, с учетом правовой позиции, приведенной в постановлении Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 16.03.2010 N 8163/09, в данной ситуации налоговый орган был вправе назначить проведение повторной выездной проверки в части уточненных данных.

Увеличение налогоплательщиком спорных расходов по амортизационным отчислениям Киренского РВПиС исследовано налоговым органом в ходе дополнительных мероприятий налогового контроля.

В соответствии с пунктом 2 статьи 252 НК расходы в зависимости от их характера, а также условий осуществления и направлений деятельности налогоплательщика подразделяются на расходы, связанные с производством и реализацией, и внереализационные расходы.

Пунктом 1 статьи 256 НК амортизируемым имуществом признаются имущество, результаты интеллектуальной деятельности и иные объекты интеллектуальной собственности, которые находятся у налогоплательщика на праве собственности, используются им для извлечения дохода и стоимость которых погашается путем начисления амортизации. Амортизируемым имуществом признается имущество со сроком полезного использования более 12 месяцев и первоначальной стоимостью более 20 000 рублей.

Пунктом 1 статьи 257 НК под основными средствами понимается часть имущества, используемого в качестве средств труда для производства и реализации товаров (выполнения работ, оказания услуг) или для управления организацией первоначальной стоимостью более 20 000 рублей. Первоначальная стоимость основного средства определяется как сумма расходов на его приобретение (а в случае, если основное средство получено налогоплательщиком безвозмездно, либо выявлено в результате инвентаризации, - как сумма, в которую оценено такое имущество в соответствии с пунктами 8 и 20 статьи 250 настоящего Кодекса), сооружение, изготовление, доставку и доведение до состояния, в котором оно пригодно для использования, за исключением налога на добавленную стоимость и акцизов, кроме случаев, предусмотренных настоящим Кодексом.

При этом на основании 2 статьи 256 НК первоначальная стоимость основных средств изменяется в случаях достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации, технического перевооружения, частичной ликвидации соответствующих объектов и по иным аналогичным основаниям. К работам по достройке, дооборудованию, модернизации относятся работы, вызванные изменением технологического или служебного назначения оборудования, здания, сооружения или иного объекта амортизируемых основных средств, повышенными нагрузками и (или) другими новыми качествами. К реконструкции относится переустройство существующих объектов основных средств, связанное с совершенствованием производства и повышением его технико-экономических показателей и осуществляемое по проекту реконструкции основных средств в целях увеличения производственных мощностей, улучшения качества и изменения номенклатуры продукции. К техническому перевооружению относится комплекс мероприятий по повышению технико-экономических показателей основных средств или их отдельных частей на основе внедрения передовой техники и технологии, механизации и автоматизации производства, модернизации и замены морально устаревшего и физически изношенного оборудования новым, более производительным.

В соответствии с пунктом 1 статьи 258 НК амортизируемое имущество распределяется по амортизационным группам в соответствии со сроками его полезного использования. Сроком полезного использования признается период, в течение которого объект основных средств или объект нематериальных активов служит для выполнения целей деятельности налогоплательщика. Срок полезного использования определяется налогоплательщиком самостоятельно на дату ввода в эксплуатацию данного объекта амортизируемого имущества в соответствии с положениями настоящей статьи и с учетом классификации основных средств, утверждаемой Правительством Российской Федерации. Налогоплательщик вправе увеличить срок полезного использования объекта основных средств после даты ввода его в эксплуатацию в случае, если после реконструкции, модернизации или технического перевооружения такого объекта увеличился срок его полезного использования. При этом увеличение срока полезного использования основных средств может быть осуществлено в пределах сроков, установленных для той амортизационной группы, в которую ранее было включено такое основное средство.

На основании пункта 1 статьи 259 НК налогоплательщики вправе выбрать один из следующих методов начисления амортизации с учетом особенностей, предусмотренных настоящей главой: 1) линейный метод; 2) нелинейный метод. Метод начисления амортизации устанавливается налогоплательщиком самостоятельно применительно ко всем объектам амортизируемого имущества (за исключением объектов, амортизация по которым начисляется линейным методом в соответствии с пунктом 3 настоящей статьи) и отражается в учетной политике для целей налогообложения. Изменение метода начисления амортизации допускается с начала очередного налогового периода. При этом налогоплательщик вправе перейти с нелинейного метода на линейный метод начисления амортизации не чаще одного раза в пять лет. Установленные настоящим пунктом методы начисления амортизации применяются ко всем основным средствам вне зависимости от даты их приобретения.

Сумма амортизации для целей налогообложения определяется налогоплательщиками ежемесячно в порядке, установленном настоящей главой. Амортизация начисляется отдельно по каждой амортизационной группе (подгруппе) при применении нелинейного метода начисления амортизации или отдельно по каждому объекту амортизируемого имущества при применении линейного метода начисления амортизации (пункт 2 статьи 259 НК)

Сумма начисленной за один месяц амортизации в отношении объекта амортизируемого имущества определяется как произведение его первоначальной (восстановительной) стоимости и нормы амортизации, определенной для данного объекта. Норма амортизации по каждому объекту амортизируемого имущества определяется по формуле: К= 1/n х 100% , где K - норма амортизации в процентах к первоначальной (восстановительной) стоимости объекта амортизируемого имущества; n - срок полезного использования данного объекта амортизируемого имущества, выраженный в месяцах (без учета сокращения (увеличения) срока в соответствии с абзацем вторым пункта 13 статьи 258 НК).

Согласно Справке о проведенных мероприятиях налогового контроля Учреждением на момент составления справки представлены: отчеты об исполнении смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств за 2008-2009 годы, отчеты об исполнении бюджета главного распорядителя за 2008-2009 годы, инвентарные карточки на амортизируемые объекты основных средств (здания) по субсчетам, приказ о проведении реконструкции выправительных сооружений за счет внебюджетных средств от 17.11.1998 №123, приказ о создании рабочей комиссии при приемке в эксплуатацию выправительных сооружений на реке Лена №101 от 15.09.1999, акт приемки в эксплуатацию после реконструкции выправительных сооружений на участке реки Лена от 20.12.1999, журнал проводок по начислению амортизации за 2008-2009 годы, расчеты амортизации по основным средствам, приобретенным за счет внебюджетных средств поквартально за 2008-2009 годы, платежные поручения на приобретение основных средств за 2007-2009 годы.

После получения от Учреждения части документов и представленных пояснений требованием от 25.01.2012 истребованы документы, указанные на стр.17 справки. Документы налогоплательщиком на момент составления справки не представлены.

На основании пункта 6 статьи 101 НК в случае необходимости получения дополнительных доказательств для подтверждения факта совершения нарушений законодательства о налогах и сборах или отсутствия таковых руководитель (заместитель руководителя) налогового органа вправе вынести решение о проведении в срок, не превышающий один месяц, дополнительных мероприятий налогового контроля.

По результатам проведенных мероприятий налогового контроля спорные расходы налоговым органом не приняты в связи с отсутствием документального подтверждения обоснованности учтенных расходов в виде амортизационных начислений. Это обстоятельство явилось основанием для уменьшения налоговой базы по налогу на прибыль за 2005 год, определенной по результатам проверки, с 787 613 905 до 480 636 952 рублей и, как следствие, для уменьшения доначисленного налога на прибыль до 115 352 868 рублей.

Согласно выводам, изложенным в решении (стр. 108-109, 143-144), расходы, увеличенные Учреждением по уточненным декларациям на суммы амортизационных отчислений по Киренскому РВПиС, не приняты налоговым органом в связи с отсутствием документального подтверждения реконструкции гидротехнических сооружений, сумм расходов, увеличивших первоначальную стоимость гидротехнических сооружений. Также, как указано в решении:

не представлены в полном объеме инвентарные карточки по учету основных средств, имеющиеся инвентарные карточки имеют пороки в составлении;

расчеты по амортизации по основным средствам, приобретенным за счет внебюджетных средств, не соответствуют представленным налоговым декларациям;

документально не подтверждено проведение работ по реконструкции гидротехнических сооружений за счет внебюджетных средств.

В ходе проведения дополнительных мероприятий налогового контроля согласно справке от 27.01.2012 налоговым органом выставлены требования о представлении документов №13/229-1 от 29.12.2011, №13/1280 – 5 от 10.01.2012, №13/229-3 от 18.01.2012

Решение в части отсутствия документального подтверждения обоснованности отраженных в уточненной декларации расходов мотивировано неисполнением в соответствующей части требования от 10.01.2012 №13/229-1-1, требования от 01.04.2011 №13/1280-2, требования от 25.01.2012 №13/229-5.

По требованию от 01.04.2011 №13/1280-2 (том 4 л.д. 68-69) налоговым органом в соответствии со статьей 93 НК истребованы расшифровки прямых расходов, относящихся к реализованным товарам, работам, услугам в сумме 471 840 893 рубля за 2008 год (пункт 3 требования) и в сумме 317 597 139 рублей за 2009 год (пункт 4 требования).

Поскольку согласно установленным проверкой данным указанные суммы расходов были отражены в декларациях по налогу на прибыль за 2008 и 2009 годы, представленных Учреждением до начала проведения проверки, и не содержат сумм амортизационных отчислений по Киренскому РВПиС отраженных в уточненных представленных после окончания проверки декларациях, то требованием от 01.04.2011 соответствующее документальное подтверждение по спорным расходам не было истребовано.

Ссылку налогового органа на неисполнение требования от 01.04.2011 в обоснование выводов об отсутствии документального подтверждения следует признать неправомерной.

По требованию б/д №13/229-1-1 (том 26 л.д. 155-156) налоговым органом в ходе дополнительных мероприятий налогового контроля истребованы:

отчеты об исполнении смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств за 2008-2009 годы;

отчеты об исполнении бюджета главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств, главного администратора, администратора источников финансирования дефицита бюджета, администратора доходов бюджета за 2008-2009 годы;

документы, подтверждающие начисление амортизации основных средств по Киренскому району ВПиС за 2008 год в размере 105 948 431 рубль, за 2009 год в размере 72 312 467 рублей;

первичные документы по учету основных средств Киренского РВПиС;

документы, подтверждающие приобретение основных средств за счет внебюджетных средств Киренского района ВПиС;

документы, подтверждающие порядок исчисления амортизации Киренского РВПиС;

ведомость по основным средствам Киренского РВПиС помесячно за 2008 и 2009 годы.

Учреждением на требование б/д №13/229-1-1 сопроводительным письмом от 23.01.2012 №222 (том 26 л.д. 157-166) представлены документы. В том числе на требование в части отчетов об исполнении смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств за 2008-2009 годы Учреждение представлены отчеты об исполнении смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств за 2008-2009 годы. На требование в части отчетов об исполнении бюджета главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств, главного администратора, администратора источников финансирования дефицита бюджета, администратора доходов бюджета за 2008-2009 годы Учреждением представлены отчеты об исполнении бюджета главного распорядителя за 2008-2009 годы. На требование о представлении документов, подтверждающих начисление амортизации основных средств по Киренскому району ВПиС за 2008 год в размере 105 948 431 рубль, за 2009 год в размере 72 312 467 рублей Учреждением представлен журнал проводок по начислению амортизации за 2008-2009 годы. На требование о представлении первичных документов по учету основных средств Киренского РВПиС Учреждением представлены инвентарные карточки по амортизируемым объектам основных средств по субсчетам. На требование о представлении документов, подтверждающих приобретение основных средств за счет внебюджетных средств Киренского района ВПиС Учреждением представлены платежные поручения на приобретение основных средств за 2007-2009 годы. На требование в части представления документов, подтверждающих порядок исчисления амортизации Киренского РВПиС Учреждением представлены расчеты амортизации по основным средствам, приобретенным за счет внебюджетных средств поквартально за 2008 -2009 годы.

Учреждением на требование налогового органа сопроводительным письмом от 23.01.2012 №222 также представлены приказ о проведении реконструкции выправительных сооружений за счет внебюджетных средств от 17.11.1998 №123, приказ о создании рабочей комиссии по приемке в эксплуатацию выправительных сооружений на реке Лене от 15.09.1999 №101 и акт приемки в эксплуатацию после реконструкции выправительных сооружений на участке реки Лены от 20.12.1999.

При этом налогоплательщик пояснил, что данные суммы амортизационных отчислений относятся к основным средствам, числящимся на балансе предприятия, что подтверждается инвентарными карточками. В состав имущества, подлежащего амортизации, входя выправительные (гидротехнические) сооружения, возведенные и принятые к учету в 1975 году до момента вступления в силу ФЗ от 21.07.1997 №122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним». Свидетельства о регистрации права собственности на данные объекты не получены. В 1998 году на основании приказа от 24.11.1998 №126 было принято решение о проведении реконструкции данных гидротехнических сооружений. Мероприятия по комплексной реконструкции гидротехнических сооружений и внутренних водных путей на реке Лене направлены на повышение безопасности и надежности завоза грузов в районы Крайнего Севера и приравненные к ним местности. В течение 2008 -2009 годов были проведены работы по реконструкции выправительных сооружений и с 01.01.2000 срок их использования был продлен на десять лет. Начисление амортизации производилось, исходя из суммы всех собственных затрат налогоплательщика на проведение реконструкции объекта. Бюджетные средства при реконструкции данных объектов предприятию не выделялись.

Указанные документы, представленные Учреждением на требование б/д №13/229-1-1 сопроводительным письмом от 23.01.2012 №222, не являются первичными документами, подтверждающими стоимость объектов, в том числе с учетом реконструкции, а также не являются первичными документами, подтверждающими обоснованность увеличения срока полезного использования. Истребованные налоговым органом документы по финансированию не относятся к периоду проведения реконструкции.

Неполное представление инвентарных карточек как первичных учетных документов, несоответствие формы представленных учетных документов, а также частичное несоответствие данных бухгалтерского учета налоговой декларации сами по себе не являются основанием для полного непринятия расходов.

Как указано в решении после получения от налогоплательщика вышеуказанных документов и представленных пояснений в соответствии со статьей 93 НК у налогоплательщика по требованию о представлении документов от 25.01.2012 №13/229-5 истребованы:

проектная и исполнительная документация по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений Киренского РВПиС;

график производства строительно-монтажных работ по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений Киренского РВПиС;

договоры, заключенные с подрядчиками по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений;

документы по приемке выполненных работы ф. КС-2, КС-3 по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений;

акты инвентаризации основных средств по Киренскому РВПиС за период с 1998 по 2009 годы;

документы, подтверждающие расходы по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений в количестве 401 единицы в размере 727 716 140 рублей согласно Акту приемки в эксплуатацию после реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений с приложениями №1-3 в разрезе статей расходов (материальные расходы, расходы по оплате труда, затраты на согласование с контролирующими органами, затраты по доставке техники к месту выполнения работ и т.д.);

отчеты об исполнении смет доходов и расходов по приносящей доход деятельности главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств за 1998 – 1999 годы по Киренскому РВПиС;

отчеты об исполнении бюджета главного распорядителя, распорядителя, получателя бюджетных средств, главного администратора, администратора источников финансирования дефицита бюджета, главного администратора, администратора доходов бюджетов за 1998-1999 годы по Киренскому РВПиС.

Как зафиксировано в Справке от 27.01.2012, указанные документы не представлены.

На основании пункта 1 статьи 93 НК должностное лицо налогового органа, проводящее налоговую проверку, вправе истребовать у проверяемого лица необходимые для проверки документы. Требование о представлении документов может быть передано руководителю (законному или уполномоченному представителю) организации или физическому лицу (его законному или уполномоченному представителю) лично под расписку или передано в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи. Если указанными способами требование о представлении документов передать невозможно, оно направляется по почте заказным письмом и считается полученным по истечении шести дней с даты направления заказного письма.

Доказательства вручения требования от 25.01.2012 уполномоченному представителю Учреждения, сведения о дате вручения требования в деле отсутствуют.

В соответствии с пунктом 3 статьи 93 НК документы, которые были истребованы в ходе налоговой проверки, представляются в течение 10 дней со дня получения соответствующего требования. В случае, если проверяемое лицо не имеет возможности представить истребуемые документы в течение установленного настоящим пунктом срока, оно в течение дня, следующего за днем получения требования о представлении документов, письменно уведомляет проверяющих должностных лиц налогового органа о невозможности представления в указанные сроки документов с указанием причин, по которым истребуемые документы не могут быть представлены в установленные сроки, и о сроках, в течение которых проверяемое лицо может представить истребуемые документы. В течение двух дней со дня получения такого уведомления руководитель (заместитель руководителя) налогового органа вправе на основании этого уведомления продлить сроки представления документов или отказать в продлении сроков, о чем выносится отдельное решение.

Требование №13/229-5 налогового органа датировано 25.01.2012, справка по результатам дополнительных мероприятий налогового контроля составлена 27.01.2012. Решение о проведении дополнительных мероприятий налогового контроля принято 28.12.2011.

Таким образом, при завершении дополнительных мероприятий налогового контроля налоговый орган преждевременно и необоснованно пришел к выводу об отсутствии документального подтверждения по требованию вынесенному за 2 дня до окончания проведения дополнительных мероприятий.

Не может также послужить основанием для выводов об отсутствии документального подтверждения спорных расходов неисполнение упомянутого в Акте проверки требования б/н от 06.10.2011, так как при оспаривании факта получения требования Учреждением налоговым органом доказательств вручения требования полномочному представителю Учреждения не представлено, а также данное требование было изготовлено 06.10.2011 за день до окончания проверки (07.10.2011).

Кроме того, в материалах проверки при изложении обстоятельств совершенного правонарушения, выразившихся в завышении расходов по налогу на прибыль в виде амортизационных начислений, в связи с отсутствием документального подтверждения содержатся противоречивые выводы. А именно, из решения на странице 144 следует, что Учреждением завышены по Киренскому РВПиС расходы по амортизации на 70 403 379,24 рубля в связи с отсутствием документального подтверждения проведения реконструкции, проведения работ за счет внебюджетных средств, непредставлением в полном объеме инвентарных карточек, несоответствием расчетов по амортизации по основным средствам. По данным проверки сумма амортизации по Киренскому РВПиС составила 1 909 087,63 рубля, по данным Киренского РВПиС сумма расходов составила 72 312 467 рублей.

Между тем, как следует из решения на странице 125 и Акта проверки расходы по Киренскому РВПиС определены проверкой в размере 41 815 936 рублей, в том числе амортизация 19 011 508 рублей. Расхождения с данными налогоплательщика составили в сумме 3 043 616 рублей в сторону увеличения. Сумма налога на прибыль за 2009 год доначислена с учетом завышения расходов на сумму 53 425 608 рублей (завышение по Киренскому РВПиС на 53 300 959 рублей и завышение по Осетровскому узлу связи на 124 650 рублей).

Применительно к обстоятельствам рассматриваемого дела, суд считает, что к выводам о совершении налогового правонарушения, выразившегося в неполной уплате налога на прибыль за 2008 и 2009 годы в связи с отсутствием документального подтверждения расходов по амортизации объектов Киренского РВПиС, налоговый орган пришел с нарушением процесса. В результате налогоплательщик не обеспечена возможность представить в предусмотренные налоговым законодательством сроки объяснения и доказательства.

Суд считает необходимым отметить также следующее. Согласно пункту 6 статьи 101 Кодекса после окончания налоговой проверки руководитель (заместитель руководителя) налогового органа, рассматривающий материалы данной проверки, вправе принять решение о проведении дополнительных мероприятий налогового контроля для получения дополнительных доказательств, подтверждающих факт совершения налогового правонарушения, признаки которого были установлены в ходе проверки, или отсутствие указанного факта. Осуществление такого права связано прежде всего с получением дополнительных доказательств по обстоятельствам, уже установленным в ходе проверки. Данное право не может быть противопоставлено праву налогового органа провести дополнительную налоговую проверку скорректированных сведений по уточненной налоговой декларации по основанию, предусмотренному абзацем шестым пункта 10 статьи 89 Кодекса (постановление Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 16.03.2010 N 8163/09.

Учитывая, что спорные расходы Учреждением применены по уточненной налоговой декларации, представленной после окончания проверки, проведенные мероприятия налогового контроля по решению от 28.12.2011 №13/229 не могут быть признаны дополнительными, поскольку при проведении проверки и составлении Акта проверки налоговым органом не установлено занижения налоговой базы по обстоятельствам завышения спорных расходов в виде амортизационных начислений по Киренскому РВПиС.

Для надлежащей проверки заявленных по уточненной декларации расходов, ранее не учтенных налогоплательщиком, после окончания проверки и составления Акта проверки налоговый орган имел возможность назначить повторную налоговую проверку.

В случае проведения повторной налоговой проверки применяется общий порядок проведения выездной проверки. В том числе, по срокам выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев. Указанный срок может быть продлен до четырех месяцев, а в исключительных случаях - до шести месяцев (пункт 6 статьи 89 НК). При этом для истребования документов (информации) в соответствии с пунктом 1 статьи 93.1 настоящего Кодекса руководитель (заместитель руководителя) налогового органа вправе приостановить проведение выездной налоговой проверки.

Исходя из правовой позиции ВАС России, изложенной в постановлении Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 16.03.2010 N 8163/09, при предоставлении уточненной налоговой декларации после окончания выездной налоговой проверки, но до принятия решения по ней, выбор между подлежащими применению формами контроля должен производится с учетом объема и характера уточняемых сведений.

О необходимости назначения повторной выездной проверки с учетом объема и характера уточненных данных по амортизационным отчислениям свидетельствует и тот факт, что налоговым органом в адрес Министерства транспорта России выставлено требование от 21.02.2012 №17/002647 о предоставлении следующей информации о проведении работ по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений Киренского РВПиС в количестве 401 единицы в размере 727 716 140 рублей (том 4 л.д. 99-100):

на основании каких нормативных документов в 1998-1999 годах проведена реконструкция выправительных (гидротехнических) сооружений Киренского РВПиС на участке реки Лены;

необходимо ли согласование проведения работ по реконструкции выправительных сооружений с контролирующими органами, а также с вышестоящей ведомственной организацией;

были ли выделены и в каком размере средства федерального бюджета в 1998-1999 годах на проведений работ по реконструкции выправительных (гидротехнических) сооружений Киренского РВПиС в количестве 401 единицы.

Как пояснил налоговый орган, данное требование выставлено в порядке применения статьи 93.1. НК. Между тем, как следует из материалов дела, данное требование было направлено уже после окончания дополнительных мероприятий налогового контроля и составления справки от 27.01.2012.

Решение в части доначисления налогов на прибыль за 2008 и 2009 годы по обстоятельствам завышения Учреждением расходов по амортизации Киренского РВПиС подлежит признанию недействительным.

На основании пункта 14 стати 101 НК несоблюдение должностными лицами налоговых органов требований, установленных настоящим Кодексом, может являться основанием для отмены решения налогового органа вышестоящим налоговым органом или судом. Нарушение существенных условий процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки является основанием для отмены вышестоящим налоговым органом или судом решения налогового органа о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения или решения об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения. К таким существенным условиям относится обеспечение возможности лица, в отношении которого проводилась проверка, участвовать в процессе рассмотрения материалов налоговой проверки лично и (или) через своего представителя и обеспечение возможности налогоплательщика представить объяснения. Основаниями для отмены указанного решения налогового органа вышестоящим налоговым органом или судом могут являться иные нарушения процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки, если только такие нарушения привели или могли привести к принятию руководителем (заместителем руководителя) налогового органа неправомерного решения.

В части обстоятельств завышения расходов на оплату труда по Осетровскому узлу связи на 124 650 рублей материальной помощи работником заявитель доводов о неправомерности доначисления налога не привел, доводов не представил.

Всего с учетом вышеизложенного, уменьшение налоговым органом расходов по налогу на прибыль подлежит признанию неправомерным: за 2008 год на сумму 111 160 843, 80 рублей, за 2009 год на сумму 53 300 959 рублей.

Решение в части начисления налога на прибыль за 2008 год, уменьшения убытка за 2009 год, соответствующих сумм пеней и штрафов подлежит признанию недействительным в части доначисления налога за 2008 год на 28 296 668,93 рубля, уменьшения убытка по налогу на прибыль за 2009 год 55 938 111,98 рублей.

По налогу на добавленную стоимость в части налоговых вычетов по приобретению товаров, по которым Учреждением выставлены счета-фактуры ООО «Кустук-2000» из обстоятельств установленных проверкой следует, что приобретение данные товаров было произведено заявителем за счет бюджетных средств. Соответственно, по таким операциям приобретения товароматериальных ценностей налоговые вычеты по НДС применены быть не могут.

В части сумм НДС, уплаченных Учреждением ОАО ПО «Якутцемент» при приобретении цемента по договору, судом в рамках рассмотрения дела об обжаловании решения налогового органа сумма налога не может быть уменьшена на налоговые вычеты, поскольку что применение налоговых вычетов по налогу на добавленную стоимость является правом налогоплательщика, носит заявительный характер посредством их декларирования в подаваемых в налоговый орган налоговых декларациях и может быть реализовано только при соблюдении установленных в главе 21 Кодекса условий. Само по себе наличие документов, подтверждающих право на применение налоговых вычетов, без отражения (указания, заявления) суммы налоговых вычетов в налоговой декларации не является основанием для уменьшения подлежащего уплате в бюджет по итогам налогового периода налога на добавленную стоимость. Наличие документов, обуславливающих применение налоговых вычетов по налогу на добавленную стоимость, не заменяет их декларирования (Постановление Президиума ВАС России от 26.04.2011 №23/11).

Всего по итогам рассмотрения доначисление налога на добавленную стоимость подлежит признанию недействительным на общую сумму 1 503 118,96 рублей.

Учреждение, оспаривая решение, ссылается в том числе на неправомерность применения налоговым органом расчетного метода определения задолженности по НДФЛ, и, как следствие, незаконность начисления пени по НДФЛ за несвоевременное перечисление удержанного налоговым агентом НДФЛ.

На дату окончания проверки – 21.05.2011 задолженность по НДФЛ составила 6 150 489 рублей 36 копеек. По решению задолженность по НДФЛ установлена в размере 5 940 720 рублей 35 копеек. За несвоевременное перечисление сумм НДФЛ в бюджет в установленные законодательством сроки по решению налогового органа начислены пени в общей сумме 4 283 981,46 рублей согласно прилагаемым к решению расчетам.

Пунктом 1 статьи 75 НК пеней признается денежная сумма, которую налогоплательщик должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм налогов или сборов, в более поздние по сравнению с установленными законодательством о налогах и сборах сроки. Пеня начисляется за каждый календарный день просрочки исполнения обязанности по уплате налога или сбора, начиная со следующего за установленным законодательством о налогах и сборах дня уплаты налога или сбора (пункт 3 статьи 75 НК). Пеня за каждый день просрочки определяется в процентах от неуплаченной суммы налога или сбора (пункт 4 статьи 75 НК).

В представленных в материалы дела расчетах начисления пени за несвоевременное перечисление НФДЛ с 01.01.2008 налоговым органом при расчете общей суммы пеней указаны: суммы перечислений НДФЛ, суммы начислений НДФЛ, период просрочки (в днях), сумма пени за несвоевременное перечисление за указанное время, ставка пени (указаны дата начала действия, значение ставки). При этом дата начисления НДФЛ указана как 5-ое число каждого месяца.

Пунктом 1 статьи 226 Налогового кодекса РФ установлена обязанность организаций, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в пункте 2 статьи, исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со статьей 224 Кодекса. В соответствии с пунктом 2 статьи 226 Налогового кодекса исчисление сумм и уплата налога в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент.

Исчисление сумм налога производится налоговыми агентами нарастающим итогом с начала налогового периода по итогам каждого месяца применительно ко всем доходам, в отношении которых применяется налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 224 настоящего Кодекса, начисленным налогоплательщику за данный период, с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего налогового периода суммы налога. Сумма налога применительно к доходам, в отношении которых применяются иные налоговые ставки, исчисляется налоговым агентом отдельно по каждой сумме указанного дохода, начисленного налогоплательщику (пункт 3 статьи 266 Налогового кодекса)

Согласно пункту 4 статьи 226 Налогового кодекса РФ налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате. Удержание у налогоплательщика начисленной суммы налога производится налоговым агентом за счет любых денежных средств, выплачиваемых налоговым агентом налогоплательщику, при фактической выплате указанных денежных средств налогоплательщику либо по его поручению третьим лицам. При этом удерживаемая сумма налога не может превышать 50 процентов суммы выплаты.

В соответствии с пунктом 6 статьи 226 Налогового кодекса РФ налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по его поручению на счета третьих лиц в банках. В иных случаях налоговые агенты перечисляют суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня, следующего за днем фактического получения налогоплательщиком дохода, - для доходов, выплачиваемых в денежной форме, а также дня, следующего за днем фактического удержания исчисленной суммы налога, - для доходов, полученных налогоплательщиком в натуральной форме либо в виде материальной выгоды.

Таким образом, при проверке своевременности перечисления удержанных сумм НДФЛ необходимо установить размер начисленного и удержанного НДФЛ, дату удержания НДФЛ, дату фактического перечисления удержанного НДФЛ.

Согласно Акту проверки при проведении проверки были истребованы следующие документы: своды начислений и удержаний по заработной плате сотрудников, лицевые карточки сотрудников, платежные документы на уплату НДФЛ, документы, подтверждающие выплату доходов физических лиц.

Как указано в решении, налогоплательщиком в части документов, подтверждающих выплату доходов физическим лицам (расходные кассовые ордеры, реестр в банк и т.д.) не представлены в связи с большим объемом данной документации, а также отсутствия ресурсов (оргтехники, бумаги и т.д.) для представления копий. Для определения срока выплаты заработной платы были истребованы коллективный договор Учреждения, а также проведен допрос главного бухгалтера Учреждения.

Согласно коллективному договору заработная плата в организации выплачивается наличными денежными средствами из кассы организации ежемесячно 5 числа, следующего месяца за отчетным.

В ходе допроса главный бухгалтер показала: срок и порядок выдачи заработной платы по каждому филиалу установлены коллективным договором. По филиалам сроки разные, по Управлению в 2008-2009 до 5 числа, Якутскому РВПиС до 10 числа. На вопрос о случаях задержки выплаты заработной платы за 2008-21.05.11 главный бухгалтер за 2008-2010 годы не ответила, за 2011 год задержек выплата заработной платы с ее слов не было.

В ответ на требование от 25.01.2012 Учреждение письмом от 13.02.2012 пояснило, что коллективные договоры представлялись в ходе ВНП.

С учетом изложенного, сроком выплаты заработной платы по Учреждению налоговым органом признано 5 число ежемесячно.

Перечисление НФДЛ в бюджет при проверке определено согласно платежным поручениям и данным КРСБ по НДФЛ.

Как следует из материалов дела, налоговый орган при определении периодов несвоевременного перечисления НДФЛ исходил из предусмотренной коллективным договором даты выдачи заработной платы и дат фактического перечисления НДФЛ по платежным поручениям. Суммы начислений и удержаний НДФЛ проверкой определены согласно сводам начислений и удержаний начислений заработной платы за 2008-2010 годы и за январь-апрель 2011 год.

Между тем, положения коллективного договора о дате выплаты заработной платы в совокупности с показаниями свидетеля – главного бухгалтера Учреждения об отсутствии задержек по выплате заработной платы в 2011 году не являются доказательствами дат фактической выплаты доходов (заработной платы) в период с 01.01.2008 по 01.01.2011.

Кроме того, Учреждение представило в материалы дела документы, из которых следует, что установленный коллективным договором Учреждения срок выплаты заработной платы не является единым по всем подразделениям Учреждения, в том числе:

положением об оплате труда Якутского РВПиС сроки выплаты заработной платы определены как 29 число каждого месяца (том 27 л.д. 39-43);

пунктом 18 коллективного договора Жиганского РВПиС сроки выплаты заработной платы определены как 20 число каждого месяца (том 27 л.д. 44 – 54);

пунктом 2.10. Вилюйского РВПиС сроки выплаты заработной платы определены как 25 число каждого месяца (том 27 л.д. 55-58);

пунктом 5.4. коллективного договора Колымского РВПиС сроки выплаты заработной платы определены как 10 число каждого месяца (том 27 л.д. 59- 62);

пунктом 1 дополнения к коллективному договору от 01.09.2010 Витимского РВПиС сроки выплаты заработной платы определены как 15 число каждого месяца (том 27 л.д. 63-64).

Положенные в качестве документального подтверждения совершения Учреждением вменяемого ему правонарушения своды начислений и удержаний не являются первичными документами, на основании которых производится исчисление и удержание налоговым агентом налога на доходы физических лиц. Представленные в материалы дела своды начислений и удержаний не содержат данных о датах удержания сумм налога на доходы физических лиц.

Срок выплаты заработной платы не во всех случаях является датой иных выплат оплаты труда. Исходя из правовой позиции ВАС России, изложенной в Постановлении Президиума от 07 февраля 2012 года №11709/11 поскольку отпускные выплачиваются работнику не позднее за три дня до начала отпуска, то определении дохода в виде отпускных с целью исчисления НДФЛ не имеет значения размер других доходов, полученных в течение соответствующего месяца.

Следовательно, НДФЛ с отпускных нужно перечислять в соответствии с порядком, предусмотренным абз. 1 п. 6 ст. 226 НК (не позднее дня фактического получения в банке денег для выплаты дохода (перечисления денег на счет физического лица либо по его поручению на счета третьих лиц)). В соответствии со статьей 136 Трудового кодекса оплата отпуска производится не позднее чем за три дня до его начала.

В соответствии с пунктом 8 статьи 101 НК в решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения излагаются обстоятельства совершенного привлекаемым к ответственности лицом налогового правонарушения так, как они установлены проведенной проверкой, со ссылкой на документы и иные сведения, подтверждающие указанные обстоятельства, доводы, приводимые лицом, в отношении которого проводилась проверка, в свою защиту, и результаты проверки этих доводов, решение о привлечении налогоплательщика к налоговой ответственности за конкретные налоговые правонарушения с указанием статей настоящего Кодекса, предусматривающих данные правонарушения, и применяемые меры ответственности. В решении о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения указываются размер выявленной недоимки и соответствующих пеней, а также подлежащий уплате штраф.

В соответствии с пунктом 1 Требований к составлению акта налоговой проверки, утвержденных приказом ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@ акт выездной (повторной выездной) налоговой проверки должен содержать систематизированное изложение документально подтвержденных фактов нарушений законодательства о налогах и сборах и иных имеющих значение обстоятельств, выявленных в процессе проверки. В соответствии с данным требованиями содержание описательной части акта выездной (повторной выездной) налоговой проверки должно соответствовать в том числе следующим требованиям:

а) объективность и обоснованность. Отражаемые в акте факты должны являться результатом тщательно проведенной проверки, исключать фактические неточности, обеспечивать полноту вывода о несоответствии законодательству о налогах и сборах совершенных проверяемым лицом деяний (действий или бездействия). По каждому отраженному в акте факту нарушения законодательства о налогах и сборах должны быть четко изложены: вид нарушения законодательства о налогах и сборах, способ и иные обстоятельства его совершения, налоговый период, к которому нарушение законодательства о налогах и сборах относится;

б) оценка количественного и суммового расхождения между заявленными в налоговых декларациях (расчетах) данными, связанными с исчислением и уплатой (удержанием, перечислением) налогов (сборов), и фактическими данными, установленными в ходе проверки. Соответствующие расчеты должны быть включены в акт выездной (повторной выездной) налоговой проверки или приведены в составе приложений к нему;

в) ссылки на первичные бухгалтерские документы (с указанием в случае необходимости бухгалтерских проводок по счетам и порядка отражения соответствующих операций в регистрах бухгалтерского, налогового учета) и иные доказательства, подтверждающие наличие факта нарушения.

Итоговая часть акта выездной (повторной выездной) налоговой проверки должна содержать в том числе сведения об общих суммах выявленных при проведении проверки неуплаченных (не полностью уплаченных (неудержанных и неперечисленных) налогов (сборов)); об исчисленных в завышенных размерах налогах (сборах) с разбивкой по налогам (сборам) и налоговым периодам, сведения о других установленных проверкой фактах нарушений (об исчисленных для целей налогообложения в завышенных размерах суммах убытков; о завышенных суммах налога на добавленную стоимость, заявленных к возмещению из бюджета (при наличии); о неудержании и неперечислении налогов и т.д.). В случае ведения налоговым органом карточек "Расчеты с бюджетом" в разрезе бюджетов сумма налога (сбора) пени, подлежащая уплате (перечислению) в бюджет, указывается как в целом по налогу (сбору) пени, так и отдельно по каждому бюджету.

Акт проверки не содержит сведений о суммах несвоевременно перечисленного НДФЛ, о периодах просрочки исполнения обязанностей налогового агента по каждой сумме несвоевременно перечисленного НДФЛ. Данные нарушения при составлении Акта проверки лишают налогоплательщика возможности представить необходимые объяснения при рассмотрении материалов проверки и вынесении решения.

Налоговый орган в ходе осуществления мероприятий налогового контроля проводит проверку правильности и своевременности исполнения обязанностей налогоплательщиком (налоговым агентом) на основании первичных бухгалтерских документов, данных регистров бухгалтерского учета и (или) на основе иных документально подтвержденных данных об объектах, подлежащих налогообложению либо связанных с налогообложением, а определение задолженности, на которую начислены пени, расчетным путем противоречит пункту 6 статьи 226 Налогового кодекса РФ, устанавливающему порядок и сроки уплаты налога налоговыми агентами.

С учетом вышеизложенного налоговым органом в ходе проверки не установлены обстоятельства фактической выплаты дохода, в связи с чем расчет пени произведен с нарушением требований, предъявляемых к проводимым мероприятиям налогового контроля.

В силу того, что на основании положений части 1 статьи 65, части 5 статьи 200 Арбитражного процессуального кодекса РФ обязанность доказывания обстоятельств, послуживших основанием для принятия оспариваемого акта, решения, совершения оспариваемых действий (бездействия), возлагается на орган или лицо, которые приняли акт, решение или совершили действия (бездействие), ссылка инспекции на наличие оснований для начисления пеней в силу признания налогоплательщиком факта несвоевременного перечисления в бюджет сумм налога на доходы физических лиц в произведенном им перерасчете пени подлежит отклонению.

Налоговым органом не представлено доказательств того, что 05 числа каждого месяца за период с 01.01.2008 по 21 мая 2011 года Учреждением удерживался исчисленный НДФЛ с сумм выплаченных доходов физических лиц.

Решение налогового органа в части начисления пени и наложения штрафов за несвоевременное перечисление исчисленного и удержанного НДФЛ подлежит признанию недействительным.

Оспаривая решение налогового органа в остальной части начислений сумм налогов, пеней и штрафов заявитель по обстоятельствам, установленным в ходе проверки, доводов о неправомерности решения налогового органа не привел, доказательств не представил. В том числе, как установлено проверкой и подтверждается материалами дела:

не исчислен и не уплачен транспортный налог за 2008 год за 2009 годы на общую сумму 156 164 рубля по указанным в Акте проверки;

не исчислен и не уплачен ЕСН: за 2008 год на сумму 62 207 рублей, за 2009 год на сумму 16 470 рублей с выплат в пользу физических лиц по гражданско-правовым договорам (Колымский РВПиС); за 2008 год на сумму 74 901 рубль, за 2009 год на сумму 140 437 рублей с выплат в пользу физических лиц по договорам на возмездное оказание услуг ((Витимский РВПиС); за 2008 год на сумму 120 373 рубля с премий, единовременных вознаграждений и пособий работников (Осетровский узел связи);

неполностью уплачен ЕСН за 2009 год на сумму 12 501 рубль в результате неверно применения налоговых ставок и неверного отражения сумм расходов, произведенных на цели ФСС (Осетровский узел связи);

не исчислен и не перечислен в бюджет НДФЛ с доходов физических лиц - по Колымскому РВПиС в сумме 927 083,80 рублей за 2008 год в сумме 120 520,89 рублей, за 2009год в сумме 23 527,84 рубля; по Алданскому РВПиС в сумме 138 685 рублей; по Витимскому РВПиС;

занижена связи налоговая база по НДФЛ за 2010 год по Осетровскому узлу на 169 982,63 рубля в результате необоснованного предоставления имущественного налогового вычета налогоплательщику- физическому лицу;

в целом по Учреждению не исчислен и не уплачен НДФЛ на общую сумму 569 135,73 рубля;

на дату окончания проверки – 21 мая 2011 года задолженность по НДФЛ составила 6 150 489,36 рублей.

Доводы, приведенные Учреждением о наличии оснований для признания недействительным решения в связи с нарушением процедуры привлечения к ответственности, установленного порядка проведения проверок основаниями для признания недействительным решения полностью не являются, рассмотрены судом при оценке правомерности доначисления сумм по видам налогов.

На основании пункта 1 статьи 122 НК неуплата или неполная уплата сумм налога (сбора) в результате занижения налоговой базы, иного неправильного исчисления налога (сбора) или других неправомерных действий (бездействия), если такое деяние не содержит признаков налогового правонарушения, предусмотренного статьей 129.3 настоящего Кодекса, влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от неуплаченной суммы налога (сбора).

В соответствии с пунктом 1 статьи 113 НК лицо не может быть привлечено к ответственности за совершение налогового правонарушения, если со дня его совершения либо со следующего дня после окончания налогового периода, в течение которого было совершено это правонарушение, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности истекли три года (срок давности).

В отношении правонарушений, предусмотренных статьями 120 и 122 Налогового кодекса РФ, исчисление срока давности привлечения к ответственности за их совершение производится со следующего дня после окончания налогового периода, в течение которого было совершено данное правонарушение.

Таким налоговым периодом при квалификации действий налогоплательщика по статье 122 Налогового кодекса РФ является период, предоставленный для исполнения соответствующей обязанности по уплате налога.

Данная правовая позиция сформирована Высшим Арбитражным Судом Российской Федерации в Постановлении Президиума ВАС РФ от 27.09.2011 №4134/11.

По налогу на добавленную стоимость за 4 квартал 2008 года не позднее 20.01.2009, 20.02.2009, 01.04.2009.

Поскольку статьей 163 НК налоговым периодом по НДС установлен как квартал, то началом течения срока давности привлечения к налоговой ответственности является 01.04.2009, срок давности истекает 01.04.2012 и на момент вынесения решения налогового органа 06.03.2012 не истек.

Статьей 123 НК предусмотрено, что неправомерное неудержание и (или) неперечисление (неполное удержание и (или) перечисление) в установленный настоящим Кодексом срок сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом, влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от суммы, подлежащей удержанию и (или) перечислению.

Как установлено проверкой и зафиксировано в Акте проверки Учреждением не представлены ряд сведений о доходах своих работников.

В соответствии с пунктом 1 статьи 126 НК (в ред. действовашей в проверенный период) непредставление в установленный срок налогоплательщиком (плательщиком сбора, налоговым агентом) в налоговые органы документов и (или) иных сведений, предусмотренных настоящим Кодексом и иными актами законодательства о налогах и сборах влечет взыскание штрафа в размере 50 рублей за каждый непредставленный документ.

Согласно п. 2 статьи 5 НК акты законодательства о налогах и сборах, устанавливающие новые налоги и (или) сборы, повышающие налоговые ставки, размеры сборов, устанавливающие или отягчающие ответственность за нарушение законодательства о налогах и сборах, устанавливающие новые обязанности или иным образом ухудшающие положение налогоплательщиков или плательщиков сборов, а также иных участников отношений, регулируемых законодательством о налогах и сборах, обратной силы не имеют.

Решением налогового органа наложен штраф из расчета 50 рублей за каждый непредставленный документ.

По неправомерно доначисленным суммам налога сумма штрафных санкций подлежит признанию недействительной в соответствующей части.

Решением вышестоящего налогового органа с учетом установления обстоятельств, смягчающих ответственность налоговые штрафы уменьшены в 2 раза. О наличии дополнительных обстоятельств, смягчающих ответственность, Учреждением не заявлено, из материалов дела не следует.

С учетом вышеизложенного, заявленное Учреждением подлежит удовлетворению в части.

На основании пунктов 2 и 8 статьи 45 НК взыскание налога, пеней и штрафов с организации, которой открыт лицевой счет производится в судебном порядке.

Основанные на доначислениях налогов, пеней и штрафов, признанных судом неправомерными, встречные требования налогового органа в части подлежат отказу в удовлетворении.

За рассмотрение имущественного требования о взыскании недоимки по налогам, штрафам и пени с ответчика по встречному заявлению подлежит взысканию государственная пошлина пропорционально удовлетворенным требования.

Руководствуясь статьями 45, 101 Налогового кодекса, статьями 101, 110, 167-170, 201, 216 Арбитражного процессуального кодекса суд

РЕШИЛ:

признать недействительным решение Межрайонной инспекции Федеральной налоговой службы 5 по Республике Саха (Якутия) от 06 марта 2012 года №17/945 с изменениями, внесенными решением Управления Федеральной налоговой службы России по РС(Я) от 23 июля 2012 года №04-22/07747 в следующей части:

пункт 1 в части наложения штрафов за неуплату налога на прибыль за 2008 год на 2 829 666,89 рублей, за неуплату НДС на 82 174,62 рубля, за неперечисление удержанного НДФЛ полностью,

пункт 2 в части начисления пени за несвоевременное перечисление налога на прибыль на 2 829 666,89 рублей, за несвоевременное перечисление НДФЛ по которому имеется задолженность полностью,

пункт 3 в части доначисления налога на прибыль за 2008 год на 28 296 668,93 рубля, налога на добавленную стоимость на 1 365 977,35 рублей,

пункт 3.4. в части уменьшения налога на добавленную стоимость за 1 квартал 2008 года на 137 141,61 рубля,

пункт 5 в части уменьшения убытка по налогу на прибыль за 2009 год на 55 938 111,98 рублей..

В удовлетворении остальной части заявленного требования о признании недействительным ненормативного правового акта налогового органа отказать.

Взыскать с федерального государственного учреждения «Ленское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» (ИНН 1435033691, ОГРН 102140157655) с зачислением в соответствующие уровни бюджетов 12 944 484 (двенадцать миллионов девятьсот сорок четыре тысячи четыреста восемьдесят четыре) рубля 50 (пятьдесят) копеек, в том числе 11 204 149 (одиннадцать миллионов двести четыре тысячи сто сорок девять) рублей 11 (одиннадцать) копеек задолженности по налогам, 704 706 (семьсот четыре тысячи семьсот шесть) рублей 09 (девять) копеек штрафных санкций, пени 1 035 629 (один миллион тридцать пять тысяч шестьсот двадцать девять) рублей 30 (тридцать) копеек и 87 722 (восемьдесят семь тысяч семьсот двадцать два) рубля 42 (сорок две) копейки государственной пошлины в доход федерального бюджета.

В удовлетворении остальной части встречных требований отказать.

Взыскать с федерального государственного учреждения «Ленское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства» (ИНН 1435033691, ОГРН 102140157655) в доход федерального бюджета

Решение может быть обжаловано в установленном законом порядке в Четвертый арбитражный апелляционный суд.

Апелляционная жалоба подается в арбитражный суд апелляционной инстанции через арбитражный суд, принявший решение. Апелляционная жалоба также может быть подана посредством заполнения формы, размещенной на официальном сайте арбитражного суда в информационно – телекоммуникационной сети Интернет http://yakutsk.arbitr.ru.

В случае обжалования решения в порядке апелляционного производства информацию о времени, месте и результатах рассмотрения дела можно получить на интернет-сайте Четвертого арбитражного апелляционного суда – http://4aas.arbitr.ru.

Судья В. Собардахова