При применении положений статьи 346.41 НК РФ следует учитывать, что Приказом МНС России от 17.03.2004 N САЭ-3-09/207 утверждены и введены в действие:
форма N 9-СРПЗ "Заявление о постановке на учет в налоговом органе налогоплательщика при выполнении соглашения о разделе продукции" (приложение N 1);
форма N 9-СРПС "Свидетельство о постановке на учет в налоговом органе налогоплательщика при выполнении соглашения о разделе продукции" (приложение N 2);
особенности постановки на учет иностранных организаций, выступающих в качестве инвестора по соглашению о разделе продукции или оператора соглашения (приложение N 3).
Также рассматриваемым Приказом установлен перечень документов, которые налогоплательщик представляет при постановке на учет в налоговом органе одновременно с заявлением о постановке на учет по форме N 9-СРПЗ.
Относительно применения положений статьи 346.41 НК РФ на практике следует отметить Постановление ФАС Дальневосточного округа от 23.07.2008 N Ф03-А59/08-2/1473, в котором суд признал несостоятельными доводы налогового органа в части НДС по счетам-фактурам, в которых в качестве покупателей указаны представительства компании. Суд, сославшись на положения статьи 346.41 НК РФ, исходил из того, что компания стоит на учете в налоговом органе по месту освоения предоставленных участков недр, поэтому весь НДС, уплаченный как непосредственно компанией, так и обособленными подразделениями в связи с приобретением товаров (работ, услуг) в рамках Сахалинского проекта, подлежит возмещению по месту предоставления налоговой отчетности, то есть в г. Южно-Сахалинске.
