При реализации положений статьи 346.39 НК РФ на практике следует учитывать, что до заключения соглашения о разделе продукции у организации не имеется оснований для применения норм, установленных главой 26.4 НК РФ (см., например, письмо Минфина России от 30.03.2007 N 03-06-06-06/4).
Поэтому до начала выполнения работ по соглашению по вопросам применения налога на добавленную стоимость следует руководствоваться нормами главы 21 НК РФ.