При применении статьи 346.21 НК РФ следует учитывать информационное письмо Президиума ВАС РФ от 18.12.2007 N 123 "О некоторых вопросах, связанных с применением положений о расчете сумм налога, подлежащих уплате индивидуальными предпринимателями, применяющими упрощенную систему налогообложения или систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход".
ФНС России в письме от 28.09.2009 N ШС-22-3/743@, доведенном до сведения нижестоящих налоговых органов, указала, что сумма единого налога, уплачиваемого налогоплательщиками, применяющими УСН с объектом налогообложения "доходы", может быть уменьшена только на суммы фактически выплаченных пособий по временной нетрудоспособности и при этом общая сумма налога по УСН не может быть уменьшена более чем на 50 процентов. Данное ограничение касается и случаев, когда налогоплательщики уменьшают сумму исчисленного налога по УСН и на сумму взносов на обязательное пенсионное страхование, и на сумму выплат пособий по временной нетрудоспособности.
По мнению Минфина России, изложенному в письме от 04.05.2009 N 03-11-09/162, сумма страховых взносов на обязательное пенсионное страхование в виде фиксированного платежа может учитываться налогоплательщиками - индивидуальными предпринимателями в тот же период времени, в котором она была уплачена, при условии, что эта сумма не превышает 50% от суммы налога, исчисленной к уплате.