При применении статьи 333.4 НК РФ следует учитывать позицию Минфина России, согласно которой исчисление суммы сбора за пользование объектами водных биологических ресурсов, подлежащей уплате в бюджетную систему, осуществляется исходя из количества объектов водных биоресурсов, разрешенного к добыче (вылову), указанного в соответствующем разрешении, и ставок сбора, установленных статьей 333.3 НК РФ.
При этом корректировка суммы сбора за пользование объектами водных биологических ресурсов, подлежащей уплате, в случае изменения условий добычи (вылова) водных биоресурсов и ее пересчет НК РФ не предусмотрены (см., например, письма Минфина России от 05.06.2008 N 03-06-06-03/4 и от 20.11.2006 N 03-07-03-04/39).
Однако Пленум ВАС РФ в пункте 2 Постановления от 26.07.2007 N 45 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами положений главы 25.1 Налогового кодекса Российской Федерации в части взыскания сборов за пользование объектами водных биологических ресурсов" разъяснил, что при внесении изменений в выданные лицензии (разрешения) в виде увеличения или уменьшения объема разрешенных к добыче (вылову) водных биологических ресурсов соответствующим образом увеличивается или уменьшается объект налогообложения по сбору, разрешенный к добыче (вылову) на основании соответствующей лицензии (разрешения).
При этом в пункте 4 данного Постановления изложена позиция, согласно которой объем фактически добытых (выловленных) водных биологических ресурсов не имеет значения для исчисления указанного сбора, в связи с чем перерасчет суммы сбора по количеству фактически добытых (выловленных) ресурсов не производится.