На основании статьи 52 НК РФ сначала налог нужно исчислить исходя из налоговой базы, налоговой ставки и налоговых льгот, а затем уплатить исчисленную сумму в бюджет (см., например, Постановление ФАС Московского округа от 18.09.2003 N КА-А40/6999-03).